为了团结各派，振兴佛教，公元1409年（明永乐七年），宗喀巴·罗桑扎巴决定在拉萨举行大规模的祈愿大法会，得到帕竹政教首领的积极响应，并任大法会的总施主。从正月初一日起直至十五日之间，数万名僧俗云集拉萨，举行隆重的祈愿大法会，祈祷佛法常住，人间安乐；又仿照古印度的风俗，每天轮流有一位施主作财物的承事供养。这是一次不分教派、不分地区的藏传佛教各界的大集会，充分显示出了他的人格魅力和无比的感召力，一代宗师之位，已经得到社会各界的公认。
从此，每年在同一时间要举行祈愿法会，成为藏传佛教最隆重的节日。后来青、川、甘藏区亦建立了祈愿法会制度，至今不衰。随着弟子的不断增多，他决定创建一座新的寺院——甘丹南杰林寺，以便完全实行他的革新主张。祈愿法会结束后，他亲自选定拉萨东面达孜县境内的旺波尔山为建寺之处，并举行了加持仪式。这座山形似卧象，寺址正好选在象背上。他命大弟子达玛仁钦、扎巴坚赞二人率领徒众，负责建寺事宜。
当年就建成大殿、僧舍七十余间，五百僧侣云集此间。次年，他主持举行了盛大的开光仪式，甘丹南杰林寺（简称甘丹寺）终于建成。寺中严格戒律，按他的主张建立了严密的学经制度。在当时西藏的众多寺院中，甘丹寺无论学经制度、寺院组织，还是寺院建筑等方面，皆独具特色，充满勃勃生气。宗喀巴和弟子们常住在这座寺里，因此被称为甘丹寺派。后又称为格鲁派，意思是“善规派”。该派僧人因头戴黄色僧帽，又被俗称为黄帽派，汉文文献简称为黄教。
甘丹寺的建立，标志着格鲁派的创立，成为格鲁派的大本营和祖寺。以甘丹寺为中心，格鲁派迅速得到发展。公元1416年（永乐十四年），他的大弟子妙音法王扎西贝丹创建哲蚌寺。1418年（永乐十六年），他的另一位大弟子大慈法王释迦也夫创建色拉寺。格鲁派最著名的三大寺全部建成，并初具规模。到了明末清初，格鲁派传遍了所有藏区，及漠南、漠北、中亚等蒙古人生活的地方，成为藏传佛教中最大的教派。在藏传佛教界，占据了统治地位，长达数百年。
宗喀巴的理论学说和改革，对藏传佛教产生了重大的影响，此后的藏传佛教历史的发展无不与他紧密相关，他本人成为家喻户晓的神圣人物。公元1419年（永乐十七年），宗喀巴将自己的衣帽授给了上首弟子达玛仁钦，命他继任甘丹寺住持。此年十月二十五日，宗喀巴大师涅槃，时年六十三岁。
相传在他圆寂时有许多奇特的景象：他的遗体前现起五彩虹霓，光华灿烂，犹如光柱而不涣散，天空中传来各种从未听闻过的声音；天降花雨，有白色、红色、蓝色、黄色等色彩的花朵，大花有如车辐轮，有的如成人手掌，花雨无量；甘丹寺附近现起各种彩虹，多日不散。他的遗体装入塔中，供奉甘丹寺中，受到世人的礼敬供养。
他一生传授弟子无数，各派大德莫不从其闻法。他培养出了许多佛学大师，如贾曹杰·达玛仁钦、克珠杰·格勒贝桑（一世班禅），根敦主（一世达赖喇嘛）、持律大师扎巴坚赞、大密宗师喜饶僧格、大慈法王释迦也夫、妙音法王扎西贝丹等人。他们继承和发扬了宗喀巴的显密教法，使显密兼修的传统得到了极大地弘扬。
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