受当时紧张的国际环境和混乱的国内环境影响，始于1969年10月26日的“京校外迁”，当时北京的学院路共有13所顶级大学迁出北京，对北京高校乃至于对于整个中国的高等教育，都产生了重要影响。其中，有些大学经历“外迁”之后，元气大伤，其中就包括现在的北京林业大学。
北京林业大学的历史，可以追溯到京师大学堂的农林科林学目。当然，北京林业大学的真正独立建校，应该始于1952年的全国高校院系调整。1952年，北京农业大学森林系与河北农学院森林系合并，正式成立北京林学院。1956年，北京农业大学造园系和清华大学建筑系部分并入北京林学院。1960年，北京林学院被列为全国63所重点高等院校之一。
1964年，北京林学院的园林专业在“园林教育革命”中首先受到冲击，1965年园林专业宣布停办，园林系被撤销。
1969年10月26日受战备疏散“一号命令”影响而准备外迁云南。然而，北京林学院师生到达云南后，师生被陆续下放到各林场和林业局参加劳动，因此，名为外迁，实为解散，后经国院务过问，北京林学院才免于被撤销的噩运。
1969年11月，北京林学院迁往玉龙山下的丽江纳西族自治县大研镇西南部的文笔海边建校，更名“丽江林学院”。当时，林业系在大研镇以南的白桦村、文笔山下的丽江二中，森工系在大研镇西北的丽江师范学校和丽江农校，教职工和家属散布于纳西族群众家庭中。北京林学院这样的搬迁，跟逃荒差不多。丽江现在是旅游胜地。当时的丽江，如同世外桃源一般，交通不便，经济文化落后，但对于一所大学来说，办学条件实在是太差了。
1972年4月，北京林学院迁到云南下关市（今大理市），再次更名为“云南林业学院”。1973年4月，学校又迁到昆明市安宁县温泉镇楸木园村，更名“云南林学院”。同时，云南农业大学林学系并入云南林学院。迁入时，学校既无教学楼，更没有学生宿舍和运动场地，生活服务设施缺乏，水源不足，还经常断水断电，师生员工经常为生活奔波，苦不堪言。
安宁县温泉镇因境内的温泉而得名内，有明代状元杨慎所题石刻“天下第一汤”五个大字。要知道，杨慎就是贬到云南的。而且，杨慎虽有高才，最终还是终老云南贬谪之地。
1977年10月，借全国林业院校相修订林业专业教学计划会议在昆明召开之机，与会代表联名上书林业部和教育部，建议云南林学院迁回北京。此后，又有专家建议恢复北京林学院。最后，在多方努力下，到1979年，云南林学院迁回北京复校，恢复校名“北京林学院”。
北京林学院外迁云南10年，从丽江到下关再到昆明，三次辗转搬迁，仪器图书资料大批散失毁坏，人才流失严重，办学条件也很艰苦，虽然后来通过争取，返回北京办学，但学校已经损失惨重，元气大伤。
迁回北京后，北京林学院得到了较好的发展。1985年，北京林学院更名为北京林业大学。现在，北京林业大学是教育部直属，教育部与国家林业与草原局共建的全国重点大学。
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