当中国士兵全部投降之后，实际上已经没有人保护这座城市的平民。日本人很了解这一点，于是12月13日，日军蜂拥入城，迅速占领政府大楼、银行和仓库，并在大街上肆无忌惮地开枪杀人。许多人在逃跑时从背后遭到射杀。日军使用机关枪、左轮手枪和步枪，向聚集在中山北路和中路以及附近巷弄的伤兵、老妇和儿童开火。日军还在城市的各个角落屠杀中国平民：无论在大街小巷、在防空洞和政府大楼，还是在城市广场上，他们到处杀人。一个个受害者尖叫着倒在日军铁蹄下，痛苦地呻吟着，这座沦陷之都的大街小巷处处血流成河，其中许多鲜血来自那些奄奄一息、无力逃跑的人。
当日军在南京挨家挨户地搜寻中国士兵时，他们也有组织地屠杀了这座城市的居民。除此之外，他们还屠杀南京市郊和附近农村的中国人。无论在城墙外、在长江边（江水已被鲜血染红），还是在池塘或湖边、在山丘上，到处尸体成堆。在南京附近的村庄，日军会因怀疑路人曾经当过兵，而向任何年轻男子开枪。日军还杀害那些不可能是中国士兵的人，如老人和妇女，只要他们对日军用日语发出的“这边走”或“那边走”的命令表示犹豫或不解，就会惨遭杀害。
在12月的最后10天里，日军的摩托部队开始在南京巡逻，与此同时，荷枪实弹的日本士兵把守着所有街道、大路和小巷的入口。日军挨家挨户地要求市民打开大门欢迎胜利之师。然而店主刚一顺从，日军立即向他们开火。日军用这种方式屠杀了数以千计的市民，然后有计划地洗劫了他们的商店，并将那些对自己没用的东西付之一炬。
鬼子对中国犯下的滔天罪行，不可饶恕
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