这个问题要分清楚说的古代大运河，还是现代大运河。古代大运河没有调水作用，因为它主要承担漕粮的运输作用，因此只要把水系沟通即可，它的流向不必一致，下图为长江到天津段，各河段的流向，大运河从瓜州北上是逆流而上，到淮阴之后，流向转换，顺流北上，从东阿过黄河，一直到临清也是顺流北上。
从此可见古代长江水没有沿大运河北上过黄河，相反在黄河北归从渤海入海之前，因黄河夺淮入海，黄河水在汛期反而顺着淮河进入长江，常常成为长江的一条支流。
进入现代以来，国家建设南水北调东线工程，调长江水从江都北上，才有长江水过黄河的事情。其中调水路线就大部分利用了大运河原有的河道。长江至东平湖1045公里中，大部分利用原有大运河河道。目前，京杭大运河江苏扬州至山东济宁已形成10个梯级，长江水就是通过一级一级抽水到东平湖。
当然南水北调东线的水穿过黄河的方式,当时也是有争议，一种是隧洞方式，从黄河底下穿过，是长江委提出的；另外一种渡槽方式，从黄河上面经过，是黄河委提出的。由于隧洞方式可避免与黄河河势、黄河规划的矛盾，盾构法隧洞技术也成熟可借鉴，最终得到了采纳。
但南水北调东线的穿黄成功，也花了37年时间，因为这涉及到选址问题，穿黄的地方地质不能太差。另外，为了保险起见，在1986年起挖了一个直径3米的试验洞，为的是探清河底的岩溶发育及水文地质情况。最终穿黄隧洞在黄河河床以下70米处，长585.38米，隧洞直径达7.5米，来自长江的水得以源源不断穿过黄河。
可见南水北调这项国家工程，真的是世纪工程，经得起各方面的考验，今天“基建狂魔”也是前辈积累下来的！
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