1644年是风云变幻的一年，先是北京城破崇祯皇帝自杀，接着李自成兵败匆忙逃出北京，最后由满清皇帝坐上紫禁城龙椅，当时能左右政权变化的，除了军事武力外，还有看不见的病菌，也就是明末鼠疫，正是因为这场规模浩大的瘟疫加速了王朝的更替。
今天我们看待这段历史，明朝灭亡的原因是腐朽到了极点，如果放大细节认真分析，就会发现很多未知的困扰，比如李自成兵快打到北京，崇祯为什么不逃往南京？李自成兵临城下时，为什么重兵把守的北京城不战就失守了？为什么李自成军队进京后战斗力迅速下降了？李自成进北京仅42天逃离，真是因为骄傲兵败吗？
除了大的政治形势决定变化外，现代医学人与考古人已经考证出，当时的国内特别是北方地区出现了大量的瘟疫，也就是鼠疫，对政治走向也起到了决定性作用。其实从万历开始，明朝大地频繁发生自然灾害，有天旱、鼠疫和祸乱等，《明季北略》有大篇幅详细记载，到了1640年崇祯末期，更是爆发了空前绝后的大鼠疫，《潞安府志》记载，一巷百余家，无一家幸免，一门数十口，无一口仅存！
本来李自成和皇太极已经两面夹击崇祯，明朝危在旦夕，这时在北京周边出现的大鼠疫又肆掠横生，这场鼠疫造成了20多万人死亡，在北京、天津、河北、山西地区，鼠疫到处蔓延，从《花村谈往》记载的发病症状来看，大量描述为咽喉瘟肿，属于腺鼠疫传染，虽然入冬后疫情有所减缓，但到了开春后再次更疯狂的复发，腺鼠疫也转为肺鼠疫，北京城人口死亡率占到40%。
图为抗战时期，湖南沅陵地区预防鼠疫宣传画。
1644年，崇祯皇帝完全可以去南京或者让太子去南京，以合法的身份继续大明王朝，江南又是最富庶的地方，可迅速建立政权中心，看着北方李自成和皇太极坐山观虎斗，结果是崇祯没有离开紫禁城，他儿子也没离开，可以解释的是崇祯相信明军能守得住北京城，因为明朝曾多次敌军打到过北京城，都没有攻陷，北京城固若金汤，吴三桂也正赶来路上，但他想错了，此时的北京城正受着鼠疫的肆掠，街上已冷清，名义上守军10多万，但大多已患病，《明史》记载，鞭一人起，一人复卧如故，等于说身体都虚弱的站不起来了，北京城墙上三个垛口才有一个士兵守卫，等崇祯召集百官时，已经是希拉几人前来，到了孤家寡人的地步，由于崇祯性格刚愎自用，听喜不听忧，到死都不知道瘟疫如此严重，就算知道也是官员轻描淡写。
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