书院产生于唐代，书院之名始于唐玄宗时，其起源有官民两途。民间书院源出于读书人个人的书斋。与书斋不同的是，书院向社会开放，成为公众活动的场所，儒生、道士、和尚等皆可出入其间。由私密而公众，这是书斋与书院的分野。
据邓洪波《唐代民间书院研究》、《唐代官府书院研究》统计，唐代书院见于地方志的有40所，见于唐诗的有14所，再加官府3所丽正书院、5所集贤书院，去掉重复，总共有57所，其中48所书院可以确定其院址。这48所书院的分布成点状，散布于今日全国的12个省区，其中今陕西7所、山西1所、河北2所、河南2所、山东1所、浙江5所、福建6所、江西7所、湖南8所、广东2所、贵州1所、四川（含重庆）6所。
又据邓洪波《五代十国时期书院述略》统计，五代十国半个多世纪（公元907－906年），民间书院共有13所，其中新建12所，兴复唐代书院1所。其地域分布，北及幽燕之区，南达珠江流域，基本上仍在唐代书院分布的范围之内，其中今江西8所、福建1所、广东1所、河南2所、北京1所。
据邓洪波等《中国书院制度研究》统计，宋代创建书院711所，分布在今日全国18个省区，其中河北3所、河南11所、山西4所、安徽20所、江苏29所、上海4所、浙江156所、福建85所、江西224所、湖北17 所、湖南70所、广东39所、广西10所、海南2所、四川（含重庆）31所、贵州1所、陕西1所、香港1所。
宋代书院分布特点有三：一是分布范围比唐五代明显扩大，广西、海南、香港都有了书院。二是数量猛增，书院分布由点状变为片状，出现了几大密集区，其中江西、浙江、福建、湖南名列前4位。三是发展极不平衡，陕西、山西、河南、河北等北方四省只有19所书院，仅占总数的2.67%，文化重心明显南移，江南完全取代中原而成为教育与学术的中心。
据邓洪波等《中国书院制度研究》统计，元代创建书院296所，分布在今全国19个省区，其中北京3所、河北12所、河南12所、山东23所、山西10所、安徽15所、江苏6所、上海4所、浙江49所、福建11所、江西94所、湖北10所、湖南21所、广东9所、广西1所、四川（含重庆）5所、贵州3所、云南1所、陕西7所。江西、浙江、山东、湖南列前4位。
尽管总的情况仍然是南多北少，但其分布则成明显的北移势态。首先，北方已有京、冀、鲁、豫、晋、陕六省区创建了书院，比宋代多了两个省区，并且山东后来居上，超过很多南方省分而名列第三。其次，北方的书院上升到67所，绝对数比宋代多3.5倍以上。第三，北方书院占全国总数的比例，由宋代的2.67%上升到22.63%，进步神速。
据邓洪波《中国书院制度研究》统计，明代创建书院1699所，分布在今全国25个省区，其中北京6所、河北70所、山西61所、辽宁7所、河南112所、山东69所、安徽99所、江苏66所、上海5所、浙江199所、福建107所、江西287所、湖北69所、湖南102所、广东156所、广西71所、海南17所、四川（含重庆）63所、贵州27所、云南66所、陕西28所、甘肃8所、青海1所、宁夏2所、香港1所，江西、浙江、广东、河南位居前4位。
另据白新良《中国古代书院发展史》统计，明代新建、修复书院共计1962所，其中洪武朝43所、建文朝1所、永乐超19所、宣德超13所、正统朝31所、景泰朝17所、天顺朝19所、成化朝78所、弘治朝95所、正德朝150所、嘉靖朝596所、隆庆朝67所、万历朝95所、天启朝21所、崇祯朝86所、朝代不明者431所。
据邓洪波等《中国书院制度研究》统计，清代创建书院3868所，分布在今全国31个省区，其中北京18所、天津15所、河北151所、辽宁20所、吉林10所、黑龙江6所、内蒙古5所、山西107所、山东149所、河南276所、安徽95所、江苏115所、上海37所、浙江395所、福建162所、台湾56所、江西323所、湖北120所、湖南76所、广东342所、广西183所、海南39所、四川（含重庆）383所、贵州141所、云南229所、陕西109所、甘肃62所、青海3所、宁夏11所、新疆4所、港澳26所。
其中，浙江、四川、广东及江西的书院数量名列前4位。台湾、新疆、内蒙古、黑龙江、吉林等地区书院的出现，标志着书院这一高扬儒家文化大旗的文化教育组织，已经遍布除西藏之外的全国所有省区。
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