莲藕生长前期，田间水层较浅，利于杂草发生，杂草发生种类多、数量大；莲藕生长中后期，田间水层较深，加之莲藕植株高大，封行早，田间郁闭程度高，不利于杂草发生，发生轻。
在莲藕生长过程中，尤其是浅水藕生长前期，水田内眼子草、牛毛毡、矮慈菇、三棱草、四叶萍、黑藻等杂草较多，生长较快，影响莲藕生长，应及时除草。除了人工除草常用的除草剂用法有下面两种：
(1)选用50%威罗生乳油，在莲藕立叶长高出水面30厘米时，取药100毫升，先拌5千克尿素，再加5千克细土，充分拌匀后，于露水已干时撒施入田中、施药时，藕田保持水深7～10厘米，施药后保持水层一周以上，效果良好，残效期可达1个月以上。
(2)选用12.5%盖草能或者35%精稳杀得40毫升，加水40～50千克，充分拌匀后，当露水干时对杂草叶面喷洒，经过4天，对杀死3～4叶期禾本科杂草效果显著。
用除草剂都是后期的对策，也有一定的副作用，更安全的办法预防为先，开种前用生石灰泼洒池塘，做好消毒，杀死草种草根，从根源上杜绝杂草。
种植莲藕可以使用益富源莲藕增产宝，每亩冲施10公斤左右，一次3-5公斤，2-3个月冲施一次，可以补充池塘有益微生物，增加池塘溶氧量，促进有机营养快速转化吸收，帮助莲藕根茎叶健康快速成长，提高产量。同时抑制细菌性病害，减少褐纹病等病害发生。
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