元大都成为全国的政治中心后，元政府设立了“上林署”和“宣徽院”等机构，负责管理皇室人员所需蔬菜的生产和供应工作。同时特设“司农司”，通过主持编撰《农桑辑要》等农书，着力推广蔬菜的栽培、贮藏，以及漂烫、干制等加工技术。被战火毁弃的原金中都禁苑故地，由于土质肥沃、水源充沛，逐渐变成菜田，其中包括今广安门外到右安门外一带的菜户营地区。
元代在金中都城内的东部设立“白纸坊”，并设税副使。白纸坊的范围北到善果寺，南至万寿宫，西至天宁寺。今广安门内、广安门外以及白纸坊地区，在当年均称白纸坊。元至清代，此地虽是最大的手工造纸作坊的聚集地，但大片的菜田混杂在其间。金中都城残垣到明朝初年仍存在，明嘉靖年间的中、晚期修筑北京外城，将金中都城的东半部包括“白纸坊”的一部分划入了外城之内。明代嘉靖年间修筑的北京外城，圈进了当年金中都城的东半部，也圈进了元代利用金中都城旧址开垦出来的菜地。这其中就有今天的菜园街和南菜园街。
明永乐五年(1407)，明成祖下诏改元朝“上林署”为“上林苑监”，特设“嘉蔬署”等管理机构，迁徙山西等地的菜农900户约2000余人进京担负蔬菜生产任务。如今“嘉蔬署”在哪呢？有人说在南菜园街上，也有人说在菜户营，笔者问了很多老人都不知道，后来翻阅《日下旧闻考》，终于找到具体位置，《日下旧闻考》提到，九莲慈荫寺建在明初“嘉蔬署”旧址之上，九莲慈荫寺西边十几步便是中顶庙。而中顶庙就在如今丰台区南苑乡西铁营村。
明代以“嘉蔬署”为中心，建立了官办的皇家蔬菜生产和贮藏基地。这片官办的菜区在今广安门外以南、以西、以东，草桥以北地区，“嘉蔬署”称这些菜农为“菜户”，把其居住地称为“菜户营”。久而久之，逐成村名。
明代时，由于“嘉蔬署”个别官吏对菜户们横加刁难，使菜户们不堪重负忍无可忍，有的菜户被迫采取“拔弃皇家园蔬”的激烈手段，以示抗议。明宣宗宣德七年（1432年），菜户200余人集体逃回山西故乡，给皇宫的蔬菜供应造成极大困难，引起了皇帝的关注。宣德皇帝派人查明了原因，申饬了办事不力的太监，并亲自颁布手谕，让菜户营的菜户即刻回京。菜户们这才领旨谢恩，凯旋而归。
在当时，京郊的菜田按照其坐落地段的不同，可以分为三等：位于近郊的菜田为上等；稍远的分属中、下等。按其经营属性，可分为民营和官办两类。民营菜田有“蔬百畦可当五帛”之说。其中的“帛”指束帛，帛5匹为1束，其大意是说，种植100畦蔬菜，可以得到相当于25匹丝织物的报酬。南菜园地区的菜田位于近郊，显然属于上等。如今，菜市口大街路东原有一胡同名为“官菜园上街”，这也佐证了历史上这一带曾有官菜园的事实。
南菜园名称出自清代末期，当时，以河沟为界，菜户们把沟南的土路称为南菜园街，沟北的土路称为北菜园街。1965年将北侧的街道定名为菜园街，南侧的街道定名为南菜园街。
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