拿破仑藐视昏庸无能的西班牙王室和不堪一击的军队。1808年4月，他受邀前去调解宫廷矛盾，轻易就将西班牙收为囊中之物。不过，他忘记了笃信宗教、深怀爱国热诚的人民，法国人担任王位的消息一传出，马德里立刻爆发出强烈的怒火，各地起义风起云涌，帝国的雄鹰在此初次受到重创。
西班牙国王查理四世是个意志力薄弱的昏君，对大臣戈多伊十分宠信，而戈多伊早已开始夺权阴谋。查理四世与儿子斐迪南相互猜忌，以叛国罪逮捕了这位王位继承人，还写信向拿破仑求援调解，而斐迪南反过来请求拿破仑帮助自己废黜他的父亲。围绕王位问题，三人争得不可开交。1808年3月，拿破仑以“挽救”西班牙王室为由，派缪拉率军开赴马德里。
1808年3月17日，拥护斐迪南的民众与王室的军队发生冲突，在阿兰胡埃斯造成血腥暴乱。无可奈何的查理四世只好被迫退位，戈多伊被解职。3月24日，法兰西帝国的军队抵达，遭到西班牙人的冷眼。拿破仑得知查理四世退位，万分欣喜，他已打好占据宝座的如意算盘。4月15日，他到达西班牙的巴荣纳，并邀请了查理四世、戈多伊，又通知斐迪南前来会晤。他们一见面就激烈争吵，各有各的理。突然，拿破仑宣布说，他们都应放弃王位，由皇帝的长兄约瑟夫·波拿巴来担任。王位纠纷就像一场游戏，拿破仑加入进来不久后就结束了，而且他成为最大的赢家。
西班牙国王要由法国人充任的消息不胫而走，贵族、僧侣、平民纷纷表示愤慨，他们觉察到上当受骗，调停的法国人才是最凶恶的敌人。怒火首先从马德里燃烧起来。1808年5月2日，满腔愤怒的西班牙人聚集在太阳门，反抗缪拉的军队。起义者手拿匕首、飞石、铁棒等武器，猛烈地冲向法军。有的用飞石朝骑兵砸去，有的钻在马肚子下用匕首捅马，搞得法军昏头转向，死伤不少。缪拉决定炮轰镇压叛乱，追捕起义者，对他们一律格杀勿论。
马德里起义很快被平息了，但西班牙人的反抗一刻也没有停息，各地的起义风起云涌。约瑟夫还没有走马上任，就有17个省份公开叛乱，成立地方议会。英勇的西班牙人多次刺杀法国驻各地的军官，几乎天天都有坏消息传到外交部长耳中。拿破仑和许多将领对小规模的抗战运动不加重视，乐观地认为西班牙不久就会完全降服。
拿破仑太不了解西班牙人了。抵抗运动越发如火如荼，身经大战的法军开始陷入困境。西班牙的武力很分散，这对进攻来说极为不利，法军不得不分散开各个击破。这种游击战，法国军队显得颇不适应，多次交锋都败下阵来。勒费弗尔的军队被遏制在萨拉戈萨；蒙塞率军攻打巴伦西亚大败而归；施瓦茨将军在加泰罗尼亚吃了败仗；在加的斯，地方议会指挥作战居然夺取了法国舰队。拿破仑这时才开始关注西班牙的反抗。1808年7月22日，杜邦统率2.3万名老兵在巴伊伦遭到卡斯塔诺军队的猛烈攻袭，因伤亡惨重，被迫投降。拿破仑获悉后，大发雷霆，没想到西班牙人如此顽劣，他决定派20万大军再去镇压。
取得巴伊伦的胜利后，卡斯塔诺率军继续推进，刚到马德里的约瑟夫不得不逃往北方。他写信给拿破仑说他不愿延长在西班牙王位上可耻的末日了。
1808年，从西班牙战场上传来的好消息只有7月14日贝西埃尔元帅率领的法军击败布拉克的军队，后来在北方，法军攻占了桑坦德、巴利阿多里德等地。西班牙的顽强抵抗，拿破仑始料不及，军事失利更让他震怒不已。这是远征埃及后的又一场噩梦，种种不祥之感袭上心头。但为不失威望，拿破仑继续投入兵力，生性傲慢的他先是藐视西班牙人，后来又执迷不悔。除了平民起义外，他还要面对皇家卫队的抵抗。直到奥地利的紧急情报送来，他才留下内伊大将收拾残局，转而投身东征奥地利之战。
马德里起义后，反抗法国的战争又持续了四年。有人说，拿破仑要打击的是所有西班牙人的灵魂，而这样的天堑是炮弹和刺刀不可能击中的。拿破仑后来回忆说：“是那场倒霉的战争毁掉了我。”的确，在马德里，在巴伊伦，帝国的雄鹰受到重创；在滑铁卢，帝国遭致毁灭性的危机。
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