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自动检测是指通过一些诊断软件来判读一个系统或一个软盘是否有毒的方法。自动检测则比较简单，一般用户都可以进行，但需要较好的诊断软件。
这种方法可方便地检测大量的病毒，但是，自动检测工具只能识别已知病毒，而且自动检测工具的发展总是滞后于病毒的发展，所以检测工具总是对相对数量的未知病毒不能识别。
就两种方法相比较而言，手工检测方法操作难度大，技术复杂，它需要操作人员有一定的软件分析经验以及对操作系统有一个深入的了解。而自动检测方法操作简单、使用方便，适合于一般的计算机用户学习使用；但是，由于计算机病毒的种类较多，程序复杂，再加上不断地出现病毒的变种，所以自动检测方法不可能检测所有未知的病毒。
在出现一种新型的病毒时，如果现有的各种检测工具无法检测这种病毒，则只能用手工方法进行病毒的检测。其实，自动检测也是在手工检测成功的基础上把手工检测方法程序化后所得的。
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