明朝的两京制与历史上的两京、多京制比较，最大的不同就是在留都也设有一套完整的中央机构。
正统六年（1441）年，两京制正式定型。南京所设立的机构近乎与北京对称，也有五府、六部、九卿等衙门，品级与北京也完全相同。南京也有自己的特点，某些地方不同于北京。
南京远离天子，政权的核心是亲臣和重臣。南京守备厅会议是南京的最高权力所在，南京守备、参赞是守备厅的常务官。《明史.职官志》说：“南京以守备及参赞机务为要职。”景泰三年（1452）设协同守备一人，多以侯、伯、都督充任。
南京半壁江山的事务全交给几个公、侯、伯掌管，皇帝不是很放心，于是在设立南京守备之后，洪熙元年（1425）又命内官监太监郑和以下西洋官军守备南京。初设守备太监一人，以后增为二人，一正一副。皇帝不在南京，南京就不设内阁了。
表面上看，南京守备和南京守备太监是平行的，不相统属。但南京守备太监是“司礼监外差”，天子“三千里外亲臣”，所以守备虽以公、侯、伯之尊，也要屈尊俯首。南京守备厅会议议事时，太监通常“据首席”，目的是保障南京权力核心与整个国家的核心——皇帝保持高度一致。
明朝在北京中央和南京各设置吏、户、礼、工、刑、兵六部，与前代相比，明朝最初在每部增加尚书侍郎各一名。南京六部除兵部（掌管南直隶与浙江、江西等省的军队）、户部（掌管南方户籍）外，其他四部基本没有实权，是被排挤出中央官员的“养老之地”。
南京兵部尚书一般挂“参赞机务”衔，会同镇守太监和南京守备勋臣(开国功臣的后人)共同管理南京的全部事务，一般这三个人中以南京兵部尚书为主。 所以说，南京真正有实权的就三人：镇守太监、南京守备、和参赞机务(南京兵部尚书兼任)。
明朝南京户部负责征收南直隶以及浙江、江西、湖广诸省的税粮（此四地所交税粮几乎占了明帝国的一半），同时还负责漕运、全国盐引勘合（明朝从始至终，南京户部一直负责这一事务）。因此南京户部侍郎经常兼任总理粮储。
南京吏部负责南京官六年一度的京察考功，北吏部不得干涉。
南京刑部负责南京诸司、公侯伯府、京卫所的刑名。
南京工部的职责与北京中央的工部相仿，只是管辖地区限于南京及附近各省。
南京礼部倒确实没有什么职权，因为皇帝几乎不来南京，礼仪祭祀活动不多。
另外南京也设大理寺和都察院，由此可见，不能说南京六部是无事机构，他们也有一定职权。不过跟北京六部以及其他部门比起来要差很多，有的完全是养老衙门，以讹传讹之下，就变成“没有职权的养老院”了。
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