彻底消灭准噶尔部的乾隆，却让伊斯兰在新疆的发展迎来大好时光！

看过康熙王朝的都应该很清晰记得，康熙皇帝与噶尔丹之间的战争。

噶尔丹（Galdan，源自藏语“甘丹”，意为兜率天，1644年—1697年），绰罗斯氏，是17世纪厄鲁特蒙古（卫拉特）准噶尔汗国大汗，也先的后裔，巴图尔珲台吉第六子。西藏黄教派人到准噶尔认定噶尔丹为西藏尹咱呼图克图的第八世化身，将不到10岁的噶尔丹请到西藏班禅和达赖处学佛法。1670年，其兄僧格珲台吉在准噶尔贵族内讧中被杀。噶尔丹得到达赖允许而还俗，赠之“博硕克图”（灵异者）佳号，自西藏返回，击败政敌，成为准噶尔部珲台吉。

噶尔丹深受喇嘛教的影响，一直想建立一个以喇嘛教为国教的准噶尔帝国，所以，他第一步在1678年率兵攻入南疆，灭亡了叶尔羌汗国，同时，又用兵于哈萨克，巩固在那里的统治。在他扫除一切障碍准备实施自己的计划时，却因多疑埋下了自己日后败亡的种子：

随着时间的推移，僧格的三个儿子都已长大成人，尤其长子策妄阿拉布坦更是英武不凡，按准噶尔法律，策妄阿拉布坦才应是合法的汗位继承人，噶尔丹为使自己的权利不至于旁落，便逐渐打压策妄阿拉布坦，在1688年，暗杀了他的弟弟索诺布阿拉布坦，这使策妄阿拉布坦感到自身安全难以保障，便在7名僧格旧臣的陪同下，率5千部众，逃至博尔塔拉河一代休养生息。

噶尔丹当政时期，藏传佛教在准噶尔汗国地区更为兴盛。噶尔丹汗在准噶尔汗国地区修建了显宗僧院、密宗僧院、祭祀僧院、祈福降灾僧院等寺庙，并从西藏请来许多高僧大德和喇嘛僧人，在准噶尔汗国进一步弘扬佛法，翻译经文，帮助他发展藏传佛教。

噶尔丹夺得准噶尔统治权后，便积极向外扩张。1676年，噶尔丹俘获其叔父楚琥尔乌巴什，并击败和硕特部首领兼卫拉特盟主的鄂齐尔图汗，遂成为卫拉特霸主或汗，把卫拉特联盟变质为事实上的准噶尔汗国，两年后获得达赖喇嘛的赠号“博硕克图汗”（蒙古诸部信黄教以获得达赖赠号为荣）。他征服哈萨克、灭叶尔羌汗国，称雄西域。1688年，进攻喀尔喀蒙古土谢图汗部，继而进军内蒙古乌兰布通，威逼北京。康熙帝遂发动三征噶尔丹之役。1690年乌兰布通之战，噶尔丹败退至科布多。1696年昭莫多（今蒙古国肯特山南）之战，噶尔丹主力军被清军击溃，侄儿策妄阿拉布坦也背叛他。1697年，康熙帝第三次征讨噶尔丹时，他死于科布多（一说自杀，一说病死）。

康熙逝世后，雍正继续坚持平定准噶尔贵族割据势力的斗争。雍正五年（1727年）冬，策妄阿拉布坦死，其子噶尔丹策零继位后，在沙俄支持下，继续进行叛乱活动。从雍正六年以后，清朝多次出兵平定噶尔丹策零叛军。

雍正十二年，噶尔丹策零向清廷请和罢兵，乾隆初年议和告成。乾隆二十二年春，清廷遣军从巴里坤等地分路进击，清军攻势凌厉，加上此时准噶尔地区瘟疫流行，叛军很快溃败，阿睦尔撒纳兵败后，逃往哈萨克，在哈萨克首领阿布赉追捕下，只身带了七八人逃入俄占区谢米巴拉厂斯克要塞，于九月得痘身亡。由于清政府的坚持，俄国最后交验了阿睦尔撒纳的尸体。清军平定准噶尔贵族分裂叛乱的战争，至此取得了胜利。

准噶尔部和清朝对峙70多年，清朝统治者对其抱有很深的敌视和不信任心理，据清朝文献记载，乾隆帝在重新统一新疆后为了杜绝后患，采取了极为残酷的屠杀政策。

准噶尔原有60多万人口，由于战争，内讧，瘟疫，清军屠杀（男子），掳掠（女子），逃亡，准噶尔部人丁殆尽，

幸存者依附于外蒙古赛音诺颜部者曰额鲁特，游牧青海者曰绰罗斯。绰罗斯部辖旗二：南右翼头旗，北中旗。共有佐领6个半。

也正是因为以佛教为国教的准噶尔汗国的灭亡，新疆的

伊斯兰教才占到了主导位置。