Metascape-基因功能分析网站

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关于基因功能注释（GO和KEGG之类的）已有介绍，大概大家最常用的工具是DAVID，但其更新速度一直被吐槽，太慢了~，今天给大家介绍一个非常好用的网站Metascape(http://metascape.org/gp/index.html#/main/step1)，更新更快，效果更好！

Metascape的数据不仅更新快，其覆盖面也相当广泛。从数据库种类来说，Metascape整合了GO、KEGG、UniProt和DrugBank等多个权威的数据资源，使其不仅能完成通路富集和生物过程注释，还能做基因相关的蛋白质网络分析和涉及到的药物分析，致力于为科研工作者提供每个基因全面而详细的信息。

下面我们来介绍常用到的Metascape的基础用法——Express Analysis

第一步：提交基因列表

首先上传基因list，可以是文件，也可以直接复制粘贴到下面的框里，Metascape支持3种gene list提交格式，分别是Excel表格，CSV格式与TXT文本格式。（注意：如果想将不同的list分别进行分析，则一定要勾选最上方的【Multiple Gene List】选项，否则Metascape会将多个list整合成一个list一起分析。）

第二步：选择物种信息

第三步：点击【Express Analysis】，在Analysis Report Page查收结果。

基因功能富集分析

基因信息注释

基因功能聚类网络图

灵活的进阶用法-Custom Analysis

前两个步骤和Express Analysis是一样的，只有在第三个步骤的时候，换成点击右边的Custom Analysis即可。

首先，第一个步骤是进行gene ID的转换。虽然在输入时，Metascape支持用户以多种gene ID进行数据输入，但是在实际处理过程中，不论用户输入什么类型的ID，都要先经过转化变成相应的Entrez Gene ID，才能进入后续的分析步骤。在这一步，用户可以根据自己的需求，对提交的基因进行初步筛选。

第二个步骤Annotation，用户可以根据自己的需要，选择自己感兴趣的，想在结果中体现的基因注释项目来进行勾选。勾选完成之后，点击左上角的Apply按钮运行。

第三步Membership，支持用户自行选择通路富集、生物过程富集、功能相关和产物分析等每一个注释步骤所用到的数据集，并可以在搜索框中输入感兴趣的字段，比如GO中的某一个或某几个term，或者一些功能性的描述，以便进行更有针对性地分析。

输入完成感兴趣的字段之后，点击左侧的Search按钮进行查找，之后点击左上方Apply生成这一步骤的结果。

最后一个步骤Enrichment，则支持用户选择通路和功能富集过程中的各项指标，以及蛋白质互作网络形成过程中的各项指标。用户可以根据自己的需求，来设定显著性阈值，网络中包含元素的最大或最小值，以及分析步骤中想用到的数据集等参数。

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