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对于原子而言，原子核之外还有电子，原子核要比原子小得多。不同的元素，包含了不同的质子、中子和电子，所以它们的大小也是不一样的。另外，原子的半径依据不同的定义，比如玻尔半径、范德华半径，也有不同的大小。下面以氢原子为例做个简单说明。
氢原子的玻尔半径约为5.3×10^-11米，即0.053纳米。氢原子核（即质子）的半径约为8.8×10^-16米，即0.88飞米。对比可知，氢原子的玻尔半径大约是原子核半径的6万倍。
假如氢原子大如半径约为6400公里的地球，那么，原子核的半径也只有107米，这个长度相当于35层楼的高度。如果在远处用肉眼看地球，比如在400公里外的太空中，根本就看不到放大后的原子核。要知道，即便是海拔超过8.8公里的珠穆朗玛峰在太空中看起来也只是地球上的一块小疙瘩。
虽然原子核相比原子的尺度要小得多，但由于质子和中子的质量高达电子质量的1800多倍，所以原子的质量几乎全都集中在原子核上。以氢为例，氢原子核的质量占到了氢原子总质量的99.95%。
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