黑衣组织是一个贯穿始末的邪恶力量，从第一集开始，黑衣组织的中坚力量琴酒和伏特加就出现在读者的视线里。刚开始的时候，对于这个神秘的黑衣组织是一无所知的。到底是一个什么样的组织？有多少人员组成？存在的目的又是什么？这一个个谜团也随着剧情的发展，慢慢的被揭开了。
从组织介绍来看，这是一个神秘的跨国犯罪集团，该组织势力庞大、资产雄厚。更可怕的是在日本政界、经济界和科学界有很广的人脉，组织势力已经伸到了各行各业。他们可以操控重要人物的生死，因为有金钱作后盾，办起事情来方便多了；组织还在开发谜样的药物以及足以影响全人类未来的程序，这才是组织最终的目的，影响甚至控制全世界。
黑衣组织出场人物十几名，看起来个个都是狠角色，并且有鲜明的性格。但是细细来看，我们发现这个组织的人员并不是无懈可击的，虽然他们同属于一个组织，但是却各自为伍，组织性没有想象中的好。
卧底频出
第一位就是帅掉渣的赤井秀一，真是职业是FBI搜查官。是一个十分全面的人才，有极强的狙击能力、推理能力和情报搜集分析能力。能力之强大，在卧底期间就凭借出色的表现，已经是能和琴酒共事的职位了。赤井秀一在卧底期间多次破坏组织的行动，挫败组织的阴谋。在牵制组织的任务中，起到了至关重要的作用。
第二位神秘的波本，在波本代号刚出来的时候，有很多人猜测冲矢昂就是波本，足以证明他的保密性做的很好。而这位年轻的波本居然也是卧底，真实身份为日本公安警察，是卧底在黑衣组织的情报员。波本原名降谷零 ，化名安室透，是一位极其神秘的人物。他具有极强的推理能力和侦察能力，对FBI成员进行了一系列试探，推断出赤井秀一就是冲矢昂。
第三位基尔，原名本堂瑛海，化名水无伶奈，真实身份是CIA的情报员。美国中央情报局的谍报员，也是潜入黑衣组织的人员，负责收集黑衣组织的情报。身份已经被FBI发现，并且受到FBI保护，由于她的重要性，FBI协助她重新进入组织继续卧底，并答应向FBI提供组织情报。
这样一来，组织就有至少3名卧底，而且都是有代号的重要人物，在组织应该也是算说得上话的人。这么一个财大气粗的跨国组织，居然出了3名卧底，让我们不禁感叹：这招人机制也太随意了点吧。黑衣组织内部的侦察机制还不够完善，各方的卧底人员都到齐了。
组织纪律性不够
亦正亦邪的贝尔摩德就是最好的例子，她擅长易容术，在组织中负责收集重要的情报。她一般都是单独行动，在调查过程中知道柯南与哀的真实身份，却不采取任何行动。很显然她并不是完完全全属于这个黑衣组织的，她有自己的想法，或者说她有自己想要达到的目的。
个人实力堪忧
黑衣组织除了琴酒之外好像没有特别突出的人了，伏特加整天跟着琴酒，但是根据表现应该可以断定，他是一个二愣子，没有太多的脑子。而表现优秀的波本、赤井秀一确实卧底，连贝尔摩德都是由着性子办事的。这么一个组织怎么会有这么大的威胁力呢，感觉起来就是琴酒一手操控着组织，其他人的表现差强人意。难道黑衣组织还有更加优秀的人没有现身么？
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