新中国成立伊始，为了学习苏联高教体制和国内经济发展的需要，中央政府从1951年上半年开始考虑进行全国性的院系调整。
1951年5月18日，政务院批准教育部长马叙伦的报告，确定适当地、有步骤地充实和调整原有高等学校的院系，此项工作先从华北、华东两大区做起，首先调整或增加工学院系。11月，教育部召开全国工学院院长会议会上提出了对全国工学院进行院系调整的具体方案:(1)北京大学工学院、燕京大学工科各系并入清华大学，清华大学改为多科性的工业高等学校;清华大学文、理、法三个学院及燕京大学的文、理、法各系并入北京大学，北京大学改为综合性大学，撤销燕京大学。(2)南开大学工学院、津沽大学工学院、河北工学院合并，组建工科院校天津大学。(3)浙江大学改为多科性工业高等院校，之江大学的土木、机械两系并入浙大，浙江大学文学院并入之江大学。(4)南京大学工学院、金陵大学电机工程系、化学工程系及之江大学建筑系合并组成南京工学院。(5)南京大学、浙江大学两个航空工程系并入交通大学，成立航空工程学院。(6)合并武汉大学水利系、南昌大学水利系和广西大学土木系水利组，成立武汉大学的水利学院。(7)武汉大学的矿业工程系、湖南大学矿冶系、广西大学矿冶系、南昌大学采矿系合并，于长沙成立中南矿冶学院，并增设采煤系和钢铁冶炼系。(8)中山大学工学院、华南联合大学工学院、岭南大学工程方面的系科及广东工业专科学校合并，成立华南工学院。(9)西南工业专科学校航空工程专科并入北京工业学院(即原华北大学工学院)
1952年秋，教育部根据“以培养工业建设人才和师资为重点，发展专门学校，整顿和加强综合性大学”的方针，制定了发展专门工业学院，加强综合院校的原则，并开始对华北、华东、东北三区为重点进行高等院校院系调整。
具体调整方案为:将原教会学校辅仁大学并入北京师范大学，撤销辅仁大学校名;新设北京地质学院、北京钢铁学院、北京航空学院、北京林学院、北京农业机械化学院、中央财经学院、北京政法学院、华东工业学院、华东水利学院、华东航空工业学院、华东体育学院(后易名上海体育学院)、重庆土木建筑工程学院、重庆化工工业学院、东北地质学院、东北林学院、沈阳农学院、八一农学院等17所院校。将南开大学、复旦大学、南京大学、山东大学改为综合性大学;将南京工学院、重庆大学改为多科性高等工业学校;撤销金陵大学、圣约翰大学、齐鲁大学、之江大学、沪江大学、震旦大学、岭南大学、华南联合大学等七所院校校名，其系科并入当地其他院校。至年底，全国已有3 /4的院校进行了院系调整调整后，华北区的高校数量增为41所，华东区高校数量降为54所。
1953年，教育部继续对中南区高校进行院系调整，并对华北、华东、东北三区高校进行专业调整，对西北、华南地区高校进行局部院系和专业调整。
经过这次调整，全国共有高校181所。其中综合大学14所，工业院校38所，师范院校33所，农林院校29所，医药院校29所，财经院校六所，政法院校四所，语文院校八所，艺术院校15所，体育院校四所，其他院校一所。在校学生达216765人，比1947年增加了40%。至此，高校院系调整基本完成。
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