集庆有军民五十多万。朱元璋召集官吏和地方父老，对他们说:“元朝政事不修，全国大乱。我是为民除害而来的，你们可以安下心来。贤人君子有愿意跟我建立功业的，我以礼相待。元朝旧政有不便于民的，我下令废除。当官的不许贪污暴虐、害我的百姓。”老百姓听了人人高兴，城内秩序很快就安定下来了。
朱元璋攻下了集庆，把它改名为应天府。小明王获得捷报后，任命朱元璋为枢密院同佥，不久又升他为江南等处行中书省平章。朱元璋自己则在应天设置“天兴建康翼大元帅府”。他统兵十万，据有应天府，声势比过去大了，但控制的地区仍然局处一隅，而且四面受敌。
当时东面和南面有元军扼守；东南的张士诚和西面的徐寿辉虽属反元武装，但都割据方，同小明王系统的红巾军俨若敌国。不过，由于小明王、刘福通在江淮之间广大地区活动，牵制了元军主力，所以朱元璋得趁元军无暇南顾的时机，稳步地获得发展。
占领集庆后不久，朱元璋派手下第一员大将徐达东取镇江。出兵前，为了进一步整饬军纪，他故意指责徐达犯了放纵士卒之罪，抓起来要依军法处斩。这时，李善长就出来求情诸将不知是计，也一齐跪下哀求。朱元璋装作看在大家面上，暂免徐达一死。他对徐达说:“你这次统率三军去攻镇江，攻下后能做到不烧不抢，才能赦免你这次犯下的罪。”
三军将士见对待主将尚且如此，无不严守军纪。镇江很快攻了下来，全军号令严肃，城内安定如常。附近地区的人民吃足了元朝军队的苦头，听说朱元璋军队待老百姓好，都盼着这支队伍早日到来。
经过一年的作战，到了1357年（元至正十七年）冬，朱元璋的军队攻下了金坛、丹阳，江阴、常州、常熟、扬州、宁国（今安徽宣城）池州（今安徽贵池）徽州（今安徽歙县）等地，全部控制了应天周围的战略据点。
随着控制地区的扩大和军队人数的增多，军粮供应成了严重的问题。元朝末年，由于连年战争和灾荒，农业生产大受破坏。不仅元军，就是各地反元起义军，也靠向百姓强迫征粮来维持。朱元璋的军队军纪虽好，同样强制征收粮草即所谓粮”长此以往，就有失去民心的危险。
为了解决军粮问题，朱元璋除了动员老百姓安心生产，还学习汉武帝和曹操行之有效的电田法，大力开展军队屯田。他命康茂才为都水营田使，主管水利农田事务。
到1360年（元至正二十年），粮食生产情况有了好转，他就下令不再征收“寨粮”，以减轻农民的负担。
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