在上节我们提到了有关杂交后在F1就出现我们想引入之表现性的做法，但并不是每个杂交育种都可以这么好运，有时候在F1并不会表现出我们想要的特性，不过这并不表示杂交失败.在F1没有表现欲求的特性可归纳为以下两个原因，第一就是此特性为隐性，再着就是控制这个特性的基因只带在F1的母鱼身上.
当所想引入的特性没有在F1表现的情形发生时，必须将F1的兄弟姐妹相互交配，以了解控制这个特性的基因是否为隐性.如果是隐性的话，在交配后得到的子代（即F2）中会有25%带有你所想看到的性持表现出来.接着选出F2中外表跟原系统最相像且带有欲引入特性表现型的雄鱼，与原系统的母鱼交配，得到的子代为F3.这里又再次说明了维持原系统的重要性.由于隐性基因在F3世代不会表现，因此必须再把F3的兄弟姐妹相互交配一次，得到的子代会有25%表现出此隐性的基因.
为何隐性基因不会在F3中表现？原因在于隐性基因必须成对存在时才会表现，只有从F2挑出来的雄鱼带有此隐性基因，而原系统母鱼没有，所以交配后得到的F3只带有一个而非成对的隐性基因，必须靠子代相互交配才可得到相互配对的隐性基因.在这大家可以得到一个结论就是，如果欲求特性为隐性基因，则必须轮留使用两个世代循环才可得到结果，也就是说在此方法中每次交配得到的子代必须保留，并在下一个循环与原系统母鱼交配.
还记得另一个欲求表现型没有在F1表现的原因是其基因只存在于F1的母鱼身上吧，因此除了将F1子代间相互交配，以确认是否为隐性基因，同时还要把F1母鱼与原系统雄鱼交配.以原系统雄鱼跟杂交后得到的母虫交配，连续几个世代即可稳定的把欲求特性引入原系统中.
总之，进行杂交育种时可能碰到以下三种情形，第一种为欲求性状是显性，第二种为隐性因此在F1不会表现，第三为基因在F1母鱼身上，因此F1雄鱼也不会表现.这三种情形中以显性基因最容易处理，隐性基因最麻烦.像这样不断与原系统交配可以纯化杂交后代，以让这些杂交后代的遗传背景愈来愈像原系统.在这些过程中可能会发生原来所想引进的表现型渐渐消失或减弱的现像，如果碰到这样的情形，赶紧进行同胎交配以了解原因所在.
让我在此说明一下有关孔雀鱼自交（inbreeding）的问题，事实上孔雀鱼自交多代后，对鱼只本身而言并不会有太大的问题，同时也不会因此丧失体形应有的大小，色泽，以及生殖能力.EugeneLarr与W.H.Hildeman教授指出，在实验室里已确认孔雀鱼可以自交18代不发生问题.这说明了长期自交育种而发生的遗传性缺失而造成鱼只大量死亡或畸形等问题，不是因为自交太多代而产生的，主要的原因是育种者在选择种鱼时有些不良的基因无法在鱼只的外观辨别出来.然而这些不良的基因虽然不会在亲代表现，但却会在子代中表现出来，通常这类的问题包括了畸形及生殖能力丧失等.
这类的问题常常发生，当然是个十分严重且头痛的问题.如此一来则会造成生不出小鱼，以至这个系统消失，或是大量产生畸形的后代，而存活的鱼仍保有漂亮的表现型.不论怎么努力挑选好的亲本都无法维持原系统时，可以试试杂交.此时尽可能将原系统维持住，以确认在往后的过程中能使用.杂交系统选择要以同品系为原则，外观与原品系愈像愈好，同时也必需为一稳定的系统，并具有良好的繁殖能力.
进行杂交以增进原系统的繁殖力和子代产量时，必需尽可能做到交？交配，意即由欲杂交系统中选出一最好的公鱼和原系统最好的母鱼交配，同时也由原系统选出最好的公鱼和欲杂交系统最好的母鱼交配，一共两个组合.接着把所得到的子代分开来养，当这些F1杂交后代大到可以进行选拔时，挑一只最好的公鱼，将之与原系统的母鱼交配，然后重复这样的动作即可把杂交系统的基因引入原系统中.如果你有足够的缸子，建议你也试着将F1中最好的母鱼选出，然后与原系统之最好的公鱼交配.我个人的经验是这样的方法所得到的结果会比前述的方法还要好些.
请大家切记，杂交是把两个系统的遗传特性杂合，如果以杂交选拔出的个体没有经过够多代的固定纯化（一般而言需5—6代），你所选出的个体只是一个杂种而已. 由长期的育种经验及实验告诉我们，这些不纯的杂种个体（hybrid—hybrids）看起来也许很不错，但经过几个世代交替后则会变成鱼体缩小，颜色混乱，看起来像野生种的个体.
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