清代的省是地方的最高行政机构，朝廷设立总督和巡抚进行节制。总督和巡抚，出现于明初，中期已经相当普遍了，不过在当时，总督、巡抚还是一个临时差遣性的任务，也不按省遴派。
清初沿袭明制，顺治十年（1653年），清廷因军事需要，任弘文院大学士洪承畴为湖广、两广、云、贵五省总督，包括了南方将近一半地区，可算是肩负重任了。
康熙以后，随着政局的稳定，总督、巡抚的设置逐渐趋于规范化，一般总督辖两省，也有辖三省或一省的。巡抚每省一员（有的是总督兼任）。乾隆以后，设总督的是：
直隶，兼巡抚衔，驻保定，同治九年（1870年起），加授北洋大臣衔；
两江，驻江宁，辖江苏、安徽、江西三省，同治五年（1866年）加南洋大臣衔；
陕甘，驻兰州，辖陕西，甘肃两省，兼甘肃巡抚事，新疆建省后，又加辖新疆省；
闽浙，驻福建，辖福建、浙江，台湾建省后，加辖台湾并领福建巡抚事；
湖广，驻武昌，辖湖北、湖南两省，光绪三十年（1904）起兼领湖北巡抚事；
四川，驻成都，兼巡抚事；
两广，驻肇庆，辖广东、广西两省，光绪三十一年（1905年）起兼广东巡抚事；
云贵，驻昆明，辖云南、贵州两省，光绪三十年兼云南巡抚事；
东三省，光绪三十三年（1907年）设，驻盛京，辖奉天、吉林、黑龙江三省，并兼管三省将军，领奉天巡抚事。
清代的总督、巡抚自有了明确的辖区后，便正式成为了地方的封疆大吏，于是品衔、职掌也随之确定下来。《清文献通考》记载：“总督统率文武军民，为一方保障”；“巡抚掌考察布按诸道及州府县之称职不称职者，于一省文职无所不统。”
总之，总督、巡抚掌握着一方的军政监察大臣，为了加重威势，他们都例有兼衔，一般总督授兵部尚书兼都察院右都御史，光绪三十二年官制改革后，更名陆军兵部尚书衔，提督军务粮饷，对本境提督、总兵以下官有统帅权，并有直辖的绿营军队，称督标，所以总督也叫部堂。
巡抚授都察院右副都御史衔，经吏部奏请后兼兵部侍郎衔，山西、山东、河南三省因无总督，故巡抚又兼提督衔，以便于统率省内绿营兵马，以后又扩及到浙、皖、赣、陕、湘、桂、黔等省巡抚。巡抚例称部院，其直属军队叫抚标。
总督，巡抚开始的品衔变动较多，后定总督为正二品，加尚书衔为从一品；巡抚从二品，加侍郎衔为正二品。总督，巡抚奉旨后还可监理河道、漕运、关税等事务。
一般来说，总督偏重军政，巡抚偏重民政，雍正皇帝在一道朱批中也说的十分明白：“巡抚之任，不比武职，训察属员，整顿吏治，惩恶案良，缉除盗匪，最为要紧”。
总督和巡抚，在品衔上总督要高出一等，而且在制度上常有节制巡抚的规定。按理说，巡抚应听命于总督。而实际上并非如此，二者都单独开幕府，有独自的奏事权，遇有大事，需要相互商量，联名奏请，加上双方的职责多有交叉重复，实际上很难严格区别，导致两者出现明争暗斗的局面。
特别是督抚同城、或同处一省者，更容易发生事端。为此很多官员曾不断上疏，要求改变这一局面，光绪时，清廷撤罢了督抚同城同省的巡抚职，令总督兼任。尽管如此，督抚并重的基本原则却始终不变。
之所以如此，是因为督抚们辖地至于广，都掌握着军政财务大权，最具有闹独立性的资本，实行二元化的领导体制，可使双方互相牵制，有利于防范尾大不掉的局面，反映了清统治者的良苦用心。
在清代，还有一种不负责地方政府职责的的专业性总督、巡抚。如漕运总督、河道总督、操江巡抚等。操江巡抚顺治年间被撤除，漕运、河道总督却沿袭下来。
漕运总督驻江苏淮安，掌鲁、豫、苏、皖、浙、湘、赣、鄂八省漕政；河道总督负责黄河、运河河道，分北河、东河、南河三段，故河道总督有三人。河道总督是所有总督中地位最低的，虽为总督却是含金量最低的，和省级总督没有可比性，到了晚清的时候，河道总督全被裁撤，河工已无专职官了。
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