在明崇祯十七年，清兵入关，山海关守将吴三桂引清兵入山海关大败闯王李自成，之后清兵逐渐占领中国。在清军征服全国的过程中，做出了让当时百姓无法接受的事情，那就是剃发易服，又加上大屠杀、大掠夺。在南方遭到了汉族等各民族的武装抵抗，引发了很多起屠杀百姓的事件。
1. 嘉定三屠
与1645年清军攻破嘉定后清军将军李成栋三次下令对嘉定城中百姓进行屠杀。
一屠：嘉定城破后，将领李成栋由于弟弟被杀，下令名破屠城三日，单日过后从嘉定的西门到葛隆镇浮尸满河，此为一屠。
二屠：李成栋走后，嘉定人民又占领嘉定，李成栋又攻打回来，攻破城门之后再次进行屠杀：“数十里内，草木尽毁。时城中无主，积尸成丘。。。。民间炊烟决断”，此为二屠。
三屠：原南明总兵反清投明，其率军攻打嘉定，清军溃败，民众均投明。但之后清兵反攻，明军败，嘉定再遭屠城，为嘉定三屠。
嘉定三屠共屠杀百姓20余万人。
2.扬州十日
1645年四月十四日，清军在围困扬州多日后终于用大炮动摇了扬州守军的军心，扬州守军呈溃败之势，四月十五日扬州城被攻破，当时天降大雨，青军首领多铎下令对城中百姓进行屠杀。屠杀持续了十日。在扬州十日中这样记载：“初，高杰兵之至扬州也，士民皆迁湖潴以避之;多为贼所害，有举室沦丧者。及北警戒严，郊外人谓城可恃，皆相扶携入城;不得入者，稽首长号，哀声震地。公辄令开城纳之。至是城破，豫王下令屠之，凡七日乃止。"亟收公(史可法)遗骸，而天暑众尸皆蒸变，不能辨识，得威哭而去"。《明季南略》:"廿五日丁丑，可法开门出战，清兵破城入，屠杀甚惨"。
此次屠杀共屠杀百姓80余万人。
3.广州大屠杀
1650年十一月二十四日至十二月五日，清朝军队在广州城进行了疯狂的屠杀。这十二天的屠杀令百姓死伤近70余万。
有史记载：“城前后左右四十里，尽行屠戮，死者六十余万人。相传城中人士蹿伏六脉渠约六七千人，正直下雨，均淹死仅剩两人。”
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