第二次世界大战期间，日本最大的潜艇是伊400型潜艇（可搭载3架飞机，日本人称之为潜水空母）。这型潜艇也是当时世界上最大的潜艇，长为122米，宽为12米，水上排水量为3530吨，潜航排水量6560吨，比日本早期建造的轻巡洋舰的吨位还要大。伊400型潜艇具备超长的续航能力，理论上可以环绕地球一圈半。
伊401号潜艇
日本原先计划建造18艘该型潜艇，但是由于战局恶化，只建造了3艘。下面是该型潜艇的详细情况：
伊400号潜艇（第5231号舰）
1943年1月18日在吴海军工厂开工建造，1944年1月18日下水，1944年12月30日竣工。舰籍隶属于联合舰队第六舰队第一潜水队，完工后主要进行内海训练任务。1945年7月23日，与伊401号一起从大凑港出发，前往加罗林群岛的波纳佩岛，一同对乌利西环礁展开攻击。1945年8月15日日本投降时，伊400号潜艇在乌利西南部海域，之后返回日本。返回时候接到命令，将艇上搭载的舰载机以和鱼雷抛弃。
1945年8月29日，在三陆被美军驱逐舰蓝号发现并接收。1945年9月15日除籍，同年10月返回佐世保。1946年1月，被美军带回美国本土进行技术调查，最后在夏威夷附近海域做为靶舰击沉。
伊400型潜艇
伊401号潜艇（第5232号舰）
1943年4月26日在佐世保海军工厂开工建造，1944年3月11日下水，1945年1月8日竣工，舰籍隶属于联合舰队第六舰队第一潜水队，完工后主要进行内海训练。1945年7月23日，与伊400号一起自大凑港出发，前往加罗林群岛的波纳佩岛，一同对乌利西环礁展开攻击。1945年8月15日日本投降时，伊400号潜艇在乌利西南部海域，之后返回日本。
1945年8月29日，在三陆被美军潜艇塞贡多号发现，8月30日，在逃跑过程中因左舷发动机故障而被俘。8月31日清晨，返回横须贺港。1945年9月15日除籍，同年10月返回佐世保。1946年1月，被美军带回美国本土进行技术调查，最后在夏威夷近海做为靶舰击沉。
伊402号潜艇（第5233号舰）
1943年10月20日在佐世保海军工厂开工建造，1944年9月15日下水，1945年7月24日竣工，舰籍隶属于联合舰队第六舰队第一潜水队。同年8月11日，完工后不久就因为在吴港遭遇空袭受损而进厂维修，后来日本投降。
1945年11月30日，伊402号艇除籍。1946年4月1日，在长崎县五岛列岛北方的东海与其他23艘各型潜舰一起，被美军舰队做为靶舰击沉。
战后美军查看伊400型潜艇后甲板的甲板炮
伊403号潜艇（第5234号舰）
在吴海军工厂建造，开工时间不详。1945年3月19日，在第一次吴港空袭中，艇体被严重损毁，评估后决定放弃建造，剩余的舰体在战后被解体。
伊404号潜艇（第5235号舰）
1943年11月18日在吴海军工厂动工，1944年7月7日下水。1945年时建造进度已达95%，之后由于战局恶化，预定在8月底交船的吴海军工厂被迫停工疏散。同年7月28日，在第三次吴港空袭中被严重损毁，后来被凿沉在濑户内海。1951年12月，伊404号被打捞出水，1952年解体。
伊400型潜艇机库
伊405号潜艇（第5236号舰）
1943年9月27日在川崎重工泉州造船厂开工建造，后因战局恶化停止建造并解体。
伊406号（第5237号舰）、伊407号（第5238号舰）、伊408号（第5239号舰）和伊409号（第5240号舰），都在1943年10月取消建造。
伊410号（第5241号舰）、伊411号（第5242号舰）、伊412号（第5243号舰）、伊413号（第5244号舰）、伊414号（第5245号舰）、伊415号（第5246号舰）、伊416号（第5247号舰）和伊417号（第5248号舰），都在1943年7月取消建造。
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