从明万历开始，明朝宫廷先后发生了震惊朝野的“宫廷三大案”。这被认为是明王朝衰败的开始，从这之后腐朽不堪明朝一旦出现突发事件的诱导，就将会出现巨大的社会动乱，对原有的统治秩序给予毁灭性的打击。
而16 世纪开始，使得欧洲国家的势力开始在世界各地延伸，作为亚洲最为庞大的帝国之一，明朝也成为欧洲殖民者觊觎的重要目标。
同时，从 16 世纪中叶起，葡萄牙传教士就通过菲律宾、马六甲等地前往中国沿海进行传播宗教的活动。西方传教士的到来，既有传教的目的，又带来了当时正在西方兴起的各种科学知识，对中国产生了重要影响。
早在明嘉靖年间葡萄牙人就盘踞在我国澳门，天启年间，荷兰则侵占了台湾澎湖以及附近的岛屿
而明天启六年（1626 年），西班牙则侵占了台湾南部的基隆和淡水两个地区。而中国沿海一带有众多人民被殖民者贩运到南洋和欧洲做奴隶，欧洲开始了其近代化的历程。
建州女真的首领努尔哈赤于明万历十一年（1583 年）起兵，开始其统一女真各部的战争。经过几十年的征伐，努尔哈赤统一了女真各个部落，成为明朝辽东地区最强的统治势力。
17 世纪，蒙古已经处于分裂的状态，被分为漠南、漠北和漠西三大部。其中以漠南蒙古的察哈尔部势力最为强大，成为明朝与后金军事结盟的主要对象。
后金的皇太极继位后，先后发动了几次对明朝长期大力支持的察哈尔部的林丹汗，明崇祯七年、后金天聪八年（1634 年）病死。
皇太极到了蒙古各部垂涎三尺的元朝传国玉玺。两年后，漠南蒙古各部在后金的盛京参加大会，尊奉皇太极为可汗。
此后，蒙古与明朝脱离关系，蒙古骑兵成为清朝攻击明朝的先导。而在明崇祯九年、清崇德元年（1636 年），已经改元为“清”的满洲政权，再次发兵攻入朝鲜，将朝鲜变成自己的臣属国。
明万历四十六年（1618 年），后金攻陷抚顺，明朝十万援军又被打败。明朝在与后金的战争中渐处下风。
明万历四十七年（1619 年），大学士徐光启受命练兵，开始考虑招募葡萄牙火炮手和购买西式火炮赴辽东抵御后金。此后明朝三次派人赴澳门招募葡萄牙士兵和传教士作为教官进入明朝军队，以公沙的西劳为代表的一批火炮教官，先后战死在辽东防御战中。
明朝政府曾多次下诏抚恤与褒奖这些葡萄牙士兵的家属。葡萄牙因此与明、清两朝产生了长远的联系。
然而明王朝已烽烟四起。文官集团导致的中央政府的腐败无能，终究是让满清铁骑入主了中原。
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