传说大昭寺寺址先前是一个湖，湖名卧唐。1300多年前松赞干布曾在湖边想尼泊尔赤尊公主许诺，随戒指所落之处修建佛殿。未料戒指恰好落入湖内，湖面顿时遍布光网，光网之中显现出一座九级白塔。
这座白塔仍矗立在大昭寺内西墙拐角处。但是不知从何时起，关于兴建大昭寺的传说，主角变成了文成公主。
经过了吐蕃以后各代，特别是五至八世达赖期间的不断补休和扩建，大昭寺的建筑面积增加了10倍以上，壁画面积超过4000平方米。它是西藏目前唯一一座完好保留了“吐蕃”至“格桑颇章”时期壁画艺术的寺庙。
如果说拉萨是雪域高原的心脏，大昭寺是拉萨的心脏，那么，现在大昭寺里供奉的释迦牟尼12岁等身像，就是雪域高原的心中之心、宝中之宝。
据史料记载，此像系前秦苻坚派吕光往印度迎至内地的。这尊佛像由文成公主带进西藏后，最初供奉在不远处的小昭寺里。
后因唐蕃交恶，有了唐朝欲派兵来藏夺取佛像的谣传，于是佛像被藏于大昭寺内。至金城公主和亲进藏后，才取出此像，并正式供奉其于大昭寺内，才有了如今这种局面。
公元1409年，宗喀巴给此佛像献了五佛冠，因藏族人称头戴王冠的释迦牟尼像为“觉卧”，又是被尊称为“觉卧仁波切”，意为“释尊大宝”，是整个藏区最受崇敬的佛像。
去大昭寺前，大概大家对“唐蕃会盟碑”已有所耳闻。虽然已经立在寺的正门前，如果不经人指点，近在咫尺，却仍不能识。
在大昭寺正门前面约10米处，有一圈石墙。著名的“唐蕃会盟碑”和“劝人种牛痘碑”就在石墙之内，这样做是保护之意。
大昭寺的北面约500米处，是它的姊妹寺小昭寺。小昭寺初建时仿汉唐建筑风格，几经火焚重建，逐渐以藏式风格为主，现存的建筑中只有底层神殿是最早期的建筑。
现在的小昭寺是西藏僧侣修习密宗的上密院，上密院堪布兼任小昭寺主持。松赞干布建寺时，特意将大昭寺门朝西，小昭寺门朝东，以抚慰赤尊公主和文成公主的思乡之心！
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