北京
10月27日消息，近日，AI蛋白质设计企业分子之心发布AI从头设计平台MMDesign最新技术报告，公布其在纳米抗体、大环肽等分子设计领域的实验验证成果。据报告披露，在覆盖18个不同靶点的19个设计项目中，有18个成功获得经实验确认的结合分子，项目成功率达到94.7%。
据介绍，MMDesign采用“生成—筛选—验证”工作流，通过AI生成大量候选分子，再结合结构可靠性、序列天然性及统计物理评估，筛选少量候选进入实验验证。
数据显示，19个项目中，每个项目仅测试9至50个候选分子，中位数为21个。累计453个受测候选中，有139个获得实验确认，整体候选命中率为30.7%。其中，15个项目至少获得两个结合分子。
在复杂靶点设计方面，MMDesign针对六个G蛋白偶联受体（GPCR）靶点开展实验，全部获得确认结合分子。其中，NK3R靶点的30个受测候选全部命中，GPR68靶点的11个候选中有10个命中，最优结合分子的解离常数（KD）达到12.1纳摩尔。
此外，MMDesign还开展了跨轮次优化实验。在六个此前已获得命中分子的靶点中，五个项目的候选命中率或最佳亲和力得到改善。其中，PDGFR项目候选命中率由4.0%提升至21.1%，最佳KD由150纳摩尔优化至37纳摩尔。
跨分子模态方面，MMDesign将设计能力拓展至大环肽。在MDM2项目中，21个候选分子有16个命中；PD-L1项目中，28个候选分子有11个命中。
底层模型方面，分子之心披露，其自研全原子结构预测模型MMFold在FoldBench抗体—抗原复合物结构预测基准测试中，针对172个抗体—抗原界面的Top-1高质量结构预测成功率达到39.0%，高于报告所列AlphaFold 3的19.8%。
分子之心创始人许锦波表示，此次扩展评估的意义在于将一次性设计成功转化为可重复、可扩展的研发能力。
目前，MMDesign已面向制药及生物技术合作伙伴开放合作，MMFold则已集成至AI研发操作系统MoleculeOS。分子之心表示，未来将继续拓展复杂靶点及分子模态，并加强亲和力与可开发性优化。（易智）
