1999年4月15日，中纪委、监察部、海关总署接到一封长达74页的检举信，信中检举揭发了厦门远华走私犯罪集团利用各种手段走私500亿的大案，其中还涉及到公安部原副部长李纪周等人的腐败问题。
1999年4月20日，中央领导作出重要批示，授命中纪委和海关总署负责查处。6月11日，查处远华案方案组成立，敲定查处方案。
1999年6月19日，由于内线通风报信，抓捕赖昌星行动失败。专案组撤回北京。赖昌星第一次出逃。
1999年8月11日，根据截获的电话资料再次抓捕赖昌星，但因原福州公安局长庄如顺泄露消息行动再度失败。赖昌星再次出逃，与妻子曾明娜及儿女一同持合法香港特区护照移民加拿大的大温哥华地区。逃往加拿大后，赖昌星全家被加政府软禁在温哥华住宅中。
1999年8月12日，专案组突审原福建省公安厅副厅长、福州公安局长庄如顺。2000年11月8日，庄如顺因受贿罪、滥用职权罪，一审被判处死刑，剥夺政治权利终身，并处没收个人全部财产。
1999年8月14日，专案组突审原厦门海关关长杨前线。2000年11月8日，杨前线一审被判处死刑，剥夺政治权利终身，并处没收个人全部财产。
1999年8月23日，专案组在远华国际大厦售楼处抓获赖昌星老婆曾明娜的秘书陶咪等重要知情人。
2000年初，中共中央派出的“四二〇专案调查组”，纪检、监察、海关、公安、检察、法院、金融、税务等部门协同办案，厦门特大走私案及相关的职务犯罪的案情被基本查清。在这期间，共有600多名涉案人员被审查，其中有近300人被追究了刑事责任。
2000年9月13日，福建漳州中级法院开庭审理原厦门市委副书记刘丰等第一批被告。
2000年11月，厦门市委原副书记刘丰等12人一审被判处无期徒刑。刘丰利用职务之便，为赖昌星走私犯罪集团的犯罪活动提供帮助，收受赖昌星等人贿赂折合人民币４５.６万元，并有７４.８万元的巨额财产不能说明合法来源，其行为构成受贿罪、巨额财产来源不明罪；中国银行福建省分行原行长陈国荣、福建省公安边防总队海警二支队原队长张永定、厦门海关走私犯罪侦查分局侦查处一科原副科长陈育强犯受贿罪；严立平、李松谋、陈国俊、陈雅歌、陈小浩、李中华、陈赞成、朱伏龙犯走私普通货物罪。上述１２人一审被判处无期徒刑，剥夺政治权利终身，并处没收个人全部财产。
2001年2月，共青团福建省委原书记詹少敏被开除党籍、公职，对其违纪所得予以追缴。
2001年4月11日，原厦门副市长蓝甫被判处死刑，缓期二年执行，剥夺政治权利终身，并处没收个人全部财产。
2001年10月22日，公安部原副部长李纪周，因受贿罪、玩忽职守罪数罪并罚，一审被判死刑，缓期二年执行，剥夺政治权利终身，并处没收个人全部财产。此前，李纪周的妻子程辛联也因介绍贿赂罪被判处有期徒刑两年零六个月。
2006年5月18日，加拿大边境服务局宣布移民部完成对赖遣返前风险评估，决定启动遣返程序。赖昌星随后向联邦法庭提出延缓遣返上诉，并要求对遣返前风险评估进行司法复核。2006年6月1日，加拿大联邦法庭宣布对赖昌星遣返案的判决结果，裁定暂缓执行遣返令。2007年4月，移民及难民部取消赖昌星所有的宵禁限制，同年7月，赖昌星考获驾驶执照。2009年1月22日，加拿大移民部批准赖昌星的工作准证申请。
2009年9月17日，华商报报道称，赖昌星近日接受内地传媒采访时透露其关于回国的想法。他表示，“我也想司法程序结束前回去，但有一些障碍，反映了很多次都没有得到回应。因此，我无法回去。”问及主要障碍时，赖昌星说，“远华案中我认为被冤判的人，包括远华公司骨干，而被重判的人员，能否改判。”
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