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植物卓越中心杰青 nature 数据存疑

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该研究揭示了,从野生玉米中克隆的基因THP9能显著提高玉米种子蛋白含量和氮素利用效率。‌ 为培育高蛋白、氮素高效利用的玉米新品种提供了关键基因资源,对减少化肥使用、保障粮食安全有重要价值。‌‌

作者之一,Brian A. Larkins,系美国国家科学院(NAS)院士。

针对 pubpeer 上的氮含量异常高、数据重复、源数据分组、数值不一致等质疑,作者尚未回应。

在图 4e–f 与 5i–k 中,作者报告了叶片与根系中 异常高的含氮量 ,这引发了对这些数值 生物学合理性 的疑虑。具体来看,叶片平均含氮量看来 约为 20% ;若按换算系数 6.25 (即每 1 单位氮对应 6.25 单位蛋白)折算,对应的蛋白含量约为 120% 。这一结果挑战了基本的生物学约束——叶片蛋白含量几乎不可能达到、更不可能超过其 干重的 100% 。这提示:要么存在 分析误差 ,要么存在某种 特殊生理情境 有待进一步核查。



作者在论文中声明,HAP1、HAP2 与 HAP3 种子的蛋白含量是采用独立生物学样本测定的。然而我注意到,不同自交系之间存在大量完全相同的蛋白含量数值,这看来不寻常。


图 2a 中 30 个 Ames21814 数值与图 1b 两个亚种列之间的关系

可否请作者说明源文件 41586_2022_5441_MOESM4_ESM.xlsx 中,图 1b 与 图 2a 两张工作表里的分组归属?


30 个数值逐一对得上,且顺序完全一致。然而,列标题却是:


问题并不在于同一批测量值出现在不止一幅图里。而在于:标为 parviglumis 的列中 20 个观测值,加上标为 mexicana 的列中 10 个观测值,合起来恰好复现了标为 Ames21814 的那一整列 30 个数据点。

在 41586_2022_5441_MOESM4_ESM.xlsx 中,工作表 Extended Data 5e 与 Extended Data 7g 都含有带 Number 标识符的 种子蛋白含量(%) 。

同一批样本的测量值同时用于 分布图 与 性状关联图 ,本属合理。然而,按表内所给的 Number 标识符逐条匹配记录,却显出不一致之处:

Extended Data 7g 共 1,334 条记录,其中 1,326 条可在 Extended Data 5e 的 同一标识符 下找到 完全相同的蛋白含量数值 ;其余 8 条 对不上。这 8 个标识符在 Extended Data 5e 的源记录中 各自仅出现一次 。


尤其是,其中 6 处差异按表中所报精度恰好为 −0.100 个百分点。这并非对整列施加了统一换算,因为大多数同标识符的数值并未改变。


end



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