浙江
绵羊作为重要家畜和生物医学模型，其复杂性状的遗传调控机制仍待系统解析。中国农业科学院北京畜牧兽医研究所潘章源、储明星、西北农林科技大学姜雨以及丹麦奥胡斯大学房灵昭等团队合作完成题为《A multi-tissue atlas of genetic regulatory effects in sheep》的研究，团队整合6761份RNA-seq样本，覆盖51种组织和2816只绵羊，构建SheepGTEx资源并系统绘制七类分子表型QTL。
研究团队处理了8171份RNA-seq样本并保留6761份用于QTL定位，获得3427511个常见高质量遗传变异。他们在51种组织中鉴定出19213个eGene、12224个eeGene、9586个isoGene、3904个enGene、9212个sGene、10345个stGene和4231个3'aGene，并把相应调控变异分别称为eQTL、eeQTL、isoQTL、enQTL、sQTL、stQTL和3'aQTL。内部验证、独立验证、等位基因特异表达分析和功能富集分析均显示这些molQTL具有较高可靠性，跨33个样本量超过100的组织的内部验证平均重复率为0.90，效应量相关系数为0.92，等位基因特异表达与eQTL效应量的平均Spearman相关系数为0.72。
研究团队通过条件分析和SuSiE精细定位发现大量独立信号和可信集，识别出322467个主效调控效应和113968个非主效调控效应，等位基因异质性较高。eQTL与其他六类molQTL的共定位比例在30.9%到71.5%之间，约59%的eQTL影响同一基因的其他分子表型。组织间调控效应呈U形共享分布，71.8%的eGene效应为同质、19.4%为异质、8.8%方向相反，7.6%到11.4%的可信集仅含单个变异，多品种设计降低了LD并提高了定位分辨率；研究团队还发现祖先、性别和发育阶段特异的eQTL，例如欧洲与中亚东亚群体间的频率差异、LD差异和效应异质eQTL。
研究团队把molQTL与34个复杂性状的GWAS结果整合，50.5%的333个GWAS位点与至少一类molQTL共定位，单组织TWAS和多组织TWAS分别把16.5%和6.3%的位点连接到分子表型，腺垂体在体尺、繁殖和毛用性状中表现突出，CATSPERD、FXYD1和COLGALT2等基因获得组织特异的调控证据。欧洲与中亚东亚绵羊的FST比较显示组织特异eQTL富集于选择区域，卵巢和皱胃最明显；52份古代绵羊基因组的分析揭示皮肤和子宫颈组织特异eQTL在选择区域富集，THNSL2和STK10等基因的表达随等位基因频率变化。相关资源已通过sheepgtex.farmgtex.org开放，供后续研究和育种应用使用。
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