山西
作为教育部直属的全国重点大学、国家“211工程”重点建设高校与“双一流”建设高校，南京农业大学在第四轮学科评估中一举拿下作物学、园艺学、农业资源与环境、植物保护、农林经济管理5个A+学科，成为全国唯一一所以211身份坐拥5个顶尖A+学科的高校，学科顶尖度在全国农林院校中处于第一梯队。
南京农业大学
作物学
作物学是学校传统优势学科，办学历史可追溯至百年前的三江师范学堂相关农科建制。学科依托国家级科研平台，长期聚焦作物高产、优质、抗逆与绿色生产技术攻关，在长江中下游稻麦轮作体系优化、作物种质资源创新等领域形成了不可替代的优势，科研成果直接支撑了区域粮食安全与农业生产提质增效，是我国作物学领域人才培养与科技创新的核心阵地。
园艺学
园艺学学科覆盖果树、蔬菜、观赏园艺多个方向，围绕园艺作物种质创新、品质调控与设施农业技术开展长期研究。学科在南方特色园艺作物品种选育、高效栽培技术集成等方面成果突出，不少培育出的新品种与配套技术已在江苏及周边多个省份大规模推广落地，有效带动了园艺产业升级与农户增收，形成了科研与产业深度融合的鲜明办学特色。
农业资源与环境
农业资源与环境学科扎根我国农业资源利用与生态保护领域，重点开展土壤改良、养分高效利用、农业面源污染防控等方向研究。学科针对我国南方丘陵区土壤障碍治理、耕地质量提升等关键问题形成了一系列实用技术方案，为区域耕地资源可持续利用、农业绿色转型提供了坚实的理论支撑与技术保障，相关研究成果多次获得国家级、省部级科研奖项。
植物保护
植物保护学院的办学源头可追溯至1902年三江师范学堂设立的植物病理学科，是我国现代植物病理学、昆虫学与植物检疫学的重要发源地。学院现有44名全职教授，汇聚了40余位国家级高层次人才，建有多个国家级、省部级重点实验室，近年在作物“锁毒”抗病新策略、植物病原物识别机制等前沿领域接连取得突破性成果，是我国农作物重大病虫害防控领域的核心科研与人才培养基地。
农林经济管理
农林经济管理学科的办学历史已超百年，前身是金陵大学农经系和国立中央大学农经系，是中国农业经济管理教育的发源地之一。学科现有32名教授，拥有完整的本-硕-博-博士后全层次人才培养体系，在农业经济理论与政策、农村发展、农产品贸易等领域学术积淀深厚，近五年学生团队斩获多项国际级、全国级学科竞赛金奖，培养的毕业生广泛活跃在三农政策研究、农业产业经营等各个领域，学科社会影响力稳居全国同类学科第一方阵。
目前南京农业大学整体保研率常年稳定在15%左右，多数学子毕业后可前往国内双一流高校继续深造，毕业生在农林相关领域的行业认可度极高，这所没有跻身985行列的211院校，凭借5个顶尖A+学科的硬核实力，走出了一条特色鲜明的学科建设与人才培养之路。
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