11月1日起，药企付给专家的每一笔讲课费、咨询费，多出一道增值税扣缴环节

财政部、税务总局2026年9月3日发布《境内单位代扣代缴自然人增值税管理办法》（财政部 税务总局公告 2026年第28号 ），自 2026年11月1日起施行 。对医药企业最直接的冲击是：向自然人支付 咨询服务、教育服务、研发服务 等费用时，支付方从"被动收票"变成"主动扣缴+主动申报"。付款流程、合同模板与台账三方面都需要动。

一、背景：扣缴义务从"自然人自行申报"前移到"付款端"

《增值税法》及《增值税法实施条例》施行后，自然人发生应税交易原则上自行申报纳税（过渡期内即按《增值税法实施条例》第四十四条执行）。28号公告解决的是一个长期存在的征管缝隙： 自然人的增值税由谁收、怎么收 。办法给出的答案是——把扣缴义务放到 支付价款的境内单位 身上，付款环节直接扣税，次月申报解缴。

这也意味着，药企财务与合规部门在11月1日后处理"专家费、讲课费、咨询费"时，面对的不只是个人所得税代扣代缴，而是 增值税扣缴 + 附加税费扣缴 + 个税代扣代缴 的叠加义务。

易混淆提示 ：本公告（2026年第28号）与《企业所得税税前扣除凭证管理办法》（ 国家税务总局公告2018年第28号 ）是两个完全不同的文件，后者管"支出凭什么凭证税前扣除"，前者管"自然人的增值税由谁代扣"。引用时务必标明年份。

二、要点拆解

要点

规则内容

适用交易

境内自然人提供 研发服务、软件服务、设计服务、咨询服务、广播影视节目（作品）制作服务、文化服务、教育服务 （统称"符合规定的应税交易"）；具体范围按《财政部 税务总局关于增值税征税具体范围有关事项的公告》（2026年第9号）执行

扣缴义务人

支付价款的境内单位（即作为应税交易购买方的境内单位）；"价款"包括货币和 非货币形式 的经济利益对应的全部价款

计税方式

应扣缴增值税 = 销售额 × 规定征收率 （具体征收率以公告及配套规定为准）；自然人符合优惠条件的应主动告知并提供资料

扣缴时点

自然人与单一扣缴义务人当次（日）销售额 达到按次纳税起征点 的，支付价款时代扣；自然人已缴纳税款的，无需代扣

附加税费

扣缴增值税时 按规定同时扣缴附加税费

申报期限

计税期间为一个月，自发生应税交易 次月1日起15日内 办理扣缴申报并缴纳税款

发票衔接

已按本办法扣缴增值税的，自然人申请代开发票时 无需再次缴税 ；自然人未申请代开的，扣缴义务人可发起 开票提醒 ，由自然人确认后申请代开

信息义务

扣缴义务人应按自然人提供的信息计算税款、办理申报， 不得擅自更改 ；发现信息不符且自然人拒绝修改的，应报告主管税务机关；自然人要求提供已扣缴税款与申报记录的，扣缴义务人应当提供

资料留存

应保存代扣代缴税款账簿、合法凭证，以及 自然人身份信息、应税交易信息、结算支付记录、符合增值税优惠政策适用条件信息资料 等；并对自然人身份信息承担保密义务

不适用情形

属于互联网平台内从业人员、由互联网平台企业按规定办理增值税代办申报的，不适用本办法

时间衔接

本办法自 2026年11月1日 起施行；2026年1月1日至10月31日期间，由自然人按《增值税法实施条例》第四十四条自行申报纳税

三、实务影响

1. 对药企：三类费用首当其冲

· 讲课费/授课费 ：通常对应"教育服务"；

· 专家咨询费、顾问费 ：通常对应"咨询服务"；

· 委托研发、临床研究相关自然人服务 ：可能对应"研发服务"。

口径提示 ：上述归类为通常理解，是否落入"符合规定的应税交易"范围，需按财政部 税务总局公告2026年第9号的具体范围确定；个案定性（例如医生讲课在个别情形下是否按医疗服务处理） 以主管税务机关口径为准 ，不要想当然套用。

2. 对付款流程：从"一个环节"变成"三个环节"

过去流程是"签约—付款—收票（或代开）"。11月1日后需增加： 付款前 ——判断交易类型、取得自然人身份信息与优惠条件声明、判断当次（日）销售额是否达起征点； 付款时 ——按公式计算并扣缴增值税及附加税费（与个税代扣代缴并行）； 付款后 ——次月1日起 15日内 办理扣缴申报解缴；未达起征点/免税/无需代扣的，仍须 按第五条规定办理申报 ；同步留存账簿、凭证与全部信息资料。

3. 对合规与内控：与反腐、CSO风控交叉

医药领域的讲课费、咨询费本就是医疗反腐与税务稽查的交叉地带（14部委2026年纠风工作要点已将"涉税违法"独立成章，中纪委与市场监管部门将专家讲课费、咨询费列为重点靶向）。增值税扣缴义务落地后， 每一笔对自然人的付款都会在税务系统留下扣缴记录 ，付款对象、金额、频次的可比性大幅提高——"业务真实性"的证据链要求随之升级。

4. 未扣缴的后果

扣缴义务人应扣未扣税款的，依据《税收征收管理法》第六十九条，由税务机关向纳税人追缴税款，对扣缴义务人处应扣未扣税款 百分之五十以上三倍以下 的罚款。对药企而言，这是 按笔累积 的风险，金额小但笔数多、频率高，是最典型的"低单价×高笔数"型合规敞口。

四、自查清单

1. 建台账 ：梳理2026年以来向自然人支付的全部讲课费、咨询费、顾问费、委托研发服务费，按"交易类型—收款人—金额—是否已代开发票—是否已扣个税"五列建账，识别11月1日后需新增增值税扣缴的支付场景。

2. 改模板 ：在讲者/专家服务协议中增加"增值税扣缴条款"——明确价款口径（含税/不含税）、由付款方依法代扣代缴增值税及附加税费、自然人配合提供身份信息与优惠条件资料。

3. 改流程 ：付款审批节点前置一道"税务判定"：交易是否属符合规定的应税交易、当次（日）销售额是否达按次纳税起征点、是否需要发起开票提醒；次月申报纳入财务月结清单。

4. 改系统 ：在费用报销与付款系统中增加"自然人收款"标识与扣税计算字段，避免线下付款绕过扣缴；留存资料按第十条要求归档（身份信息、交易信息、结算支付记录等）。

5. 做培训 ：对医学部、市场部、人力与财务做一次联合宣贯——讲课费"付得清"比"付得少"重要；同时把业务真实性证据链（课件、签到、服务成果）与税务扣缴记录绑定归档，形成一套材料应对两条线检查。

11月1日不是终点而是起点：当每一笔专家付款都被扣缴记录在案，医药企业真正要证明的仍然只有一件事—— 这钱为什么付、服务是否真实发生 。

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