四川
1998年7月的简报人员称，“本·拉登高度重视在美国发动袭击是可能的”，并指出他“对使用化学和生物制剂发动袭击有兴趣”。
两个月后，一名简报人员写道，本·拉登“更倾向于在华盛顿在美国本土发动袭击”，并且基地组织“可能会驾驶一架装满爆炸物的飞机撞向美国城市”。
1998年12月还讨论了可能的劫机行动。当时一名简报人员描述，阴谋者“最近在纽约一个未具名机场进行试运行时避开了安全检查”，并且“本·拉登网络的一些成员接受过劫机训练”。
在袭击发生约两年前，情报官员已知道，本·拉登似乎在向塔利班隐瞒自己不愿对美国发动无端袭击的态度。2001年初为乔治·W·布什准备的简报部分聚焦于本·拉登“通过粗糙手段试验制造和部署生物制剂”。
袭击发生前一个月的一份报告显示，本·拉登“致力于在美国发动恐怖袭击”，并指出1998年基地组织袭击美国使馆一事“表明他会提前数年准备行动，且不会因挫折而却步”。
当时——2001年8月——官员写道，“美国境内存在与准备劫机或其他类型袭击相符的可疑活动，包括最近对纽约联邦建筑的监视”，并补充说，联邦调查局正在“全美进行约70项其认为与本·拉登有关的全面实地调查”。
在袭击发生后的最初几年，一个两党委员会强调中情局和联邦调查局等机构之间缺乏信息共享，并提出建议，促成了一些新职位的设立，包括集中化的国家情报总监，以及国家反恐中心。该中心负责分析来自不同政府部门的本土和外国恐怖主义信息。
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