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Cell Rep Methods | 让AI“看清”纳米尺度的大脑: 三维图像去噪技术助力高通量神经连接组学研究

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近日,中国科学院 自动化研究所 韩华 研究员 、 陈曦 研究员 团队 与 上海交通大学医学院附属第九人民医院 华云峰 研究员 团队 合作, 在Cell Reports Methods发 表 了题为 Volumetric Denoising Enables High-Throughput Volume Electron Microscopy an d Efficient Downstream Analysis 的 研究论文 。该研究提出了一种基于人工智能的三维去噪(Volumetric Denoising)流程,突破体电子显微镜(Volume Electron Microscopy)成像中“速度与质量难以兼顾”的瓶颈,为大规模神经连接组学研究提供了新的技术方案


研究背景: 破解体电镜成像难题

人类 大脑由数千亿 个 神经元组成,神经元之间通过复杂的突触连接形成庞大的信息网络。要理解这些 神经元的 精密 连接关系,需借助具有纳米级分辨率的显微成像技术,对脑组织进行三维重建。体电镜技术 结合了 连续 超薄切片和 电镜成像, 使研究人员可以 在所需的空 间分辨率 下 观察 神经纤维、 突 触、线粒体等关键结构。然而,随着成像规模不断扩大,一个长期存在的矛盾逐渐显现: 加快 成像 速度,图像噪声越高;提高图像质量,又 消耗 大量成像时间。 这一限制成为推动大 规模神经连接组 学 研究 的 主要 技术 瓶颈 之一 。

AI赋能:从“ 图像 降噪”到“ 还原 结构”

针对这一问题,研究团队提出了全新的思路: 利用人工智能理解三维生物结构信息,而 不仅仅是 机械地 去除图像噪声。 传统二维图像去噪主要针对单张图像进行处理,容易造成 伪影 或失真 。而体电镜数据本质是 空间上连续的 结构, 相邻 切片包含 冗余的结构 信息。 因此, 团队 提出 体积去噪 的 流程 , 充分利用连续切片之间的结构, 在保留 真实 细胞结构 的基础上 , 尽可能 去除 图像的随机噪音 。 团队进一步验证发现 : 经体积去噪处理后 的 数据能够显著改善 神经纤维、 线粒体、突触等亚细胞结构的 智能 分割效果,降低 后续 人工 校验 的 工作量,为未来开展更大规模、更高效率的神经连接组研究提供了有力支持。

展望未来:从“采集更多数据”到“智能获取数据”

这一研究的重要意义在于改变了传统电镜成像的思路。过去,研究人员往往依靠延长 成像 时间 和 提 高 电子束 流 来获得 清晰图像 ,这 无疑 更 符合 人类 视觉 感知 的喜好 , 而 对于 人工智能 图像分析 并非最优解 。 该研究 表明 : 未来的高 通量 电镜 成像 应当 以 自动化 图像 处理为主, 针对机器的 特性来优化数据采集策略 。 作为 概念证明 , 增加 空间 采样频率 与 体 积去噪 算法 的结合 能 够支持更 高效的体电镜数据采集 , 推动生物 电镜 三维 成像 领域 的发展 。这一技术理念不仅适用于体电镜,也有望拓展到其 它 三维显微成像领域,为生命科学研究提供新的智能化工具。


中国科学院 自动化研究所 韩华研究员、 陈曦 研究员 与 上海交通大学医学院附属第九人民医院 华云峰研究员为本文的 共同 通讯 作者,中 国科学院 大学前沿交叉科学学院 陈波昊 为第一作者 。 团队感谢 上海交通大学医学院 附属第九人民医院 雷鸣教授和 中国科学技术大学 毕国强教授的讨论与 建议 。

原文链接:https://doi.org/10.1016/j.crmeth.2026.101543

制版人:十一

学术合作组织

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