上海
撰文丨王聪
编辑丨王多鱼
排版丨水成文
近年来，研究人员从宏基因组数据中挖掘出数以百万计的噬菌体基因组，但由于现有噬菌体检测方法依赖宏基因组重叠群，导致噬菌体基因组片段化，基因组完整度始终较低。
2026 年 7 月 9 日， 香港城市大学李帅成、汪建平作为共同通讯作者（王若涵、潘光泽为论文第一作者），在Nature Biotechnology期刊发表了题为： High-quality phage assembly from metagenomes with PALACE 的研究论文。
该研究开发了基于共轭图的框架——PALACE，可从宏基因组数据中组装高质量的噬菌体基因组，并将其成功应用于从肠道宏基因组中组装高质量 噬菌体基因组，揭示了结直肠癌患者来源的噬菌体显著富集代谢因子，提示其适应了结直肠癌肠道环境中的营养可利用性。
在这项新研究中，研究团队提出了一个基于共轭图的框架（conjugate-graph-based framework）——PALACE，可从宏基因组数据中组装高质量噬菌体基因组。PALACE 整合了同源比对与深度学习策略来识别噬菌体信号，并基于宏基因组样本构建共轭图。在模拟数据中，PALACE 能生成准确完整的噬菌体基因组，不同模拟条件下的 F1 分数达 0.92-1.00，较次优方法提升 0.21-0.48。将该方法应用于健康对照组与结直肠癌（CRC）患者的 914 份肠道宏基因组样本，共获得 5306 个高质量噬菌体基因组，其中位完整度较次优基准方法提升 55.98%。
该研究进一步发现了噬菌体基因组内基因呈现高度功能组织化。结直肠癌患者来源的噬菌体显著富集代谢因子，提示其适应了结直肠癌肠道环境中的营养可利用性。
论文链接：
https://www.nature.com/articles/s41587-026-03188-z
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