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人眼如何分清红绿灯?《科学》连发3篇论文揭开秘密

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来源:市场资讯

(来源:DeepTech深科技)


人类能够看清颜色的秘密到底是什么?最新一期《科学》杂志用 3 篇论文揭开了背后原理,原来这个秘密就藏在人眼里三种感光蛋白的立体结构里。

在本次三篇论文之中,三种蛋白的结构被同时看清,论文作者们则分别来自三个独立研究团队。三支团队分别来自南昌大学团队与德国柏林夏里特医学院团队、瑞士苏黎世联邦理工学院团队以及日本名古屋工业大学团队。

我们在生物课本上都学过这样一个知识点,人类可以看到红绿蓝三种颜色,凭借的是视网膜上的三种视锥细胞,它们各自拥有一种感光蛋白,依次对长波、中波和短波的光存在敏感度,也就是一种负责红色、一种负责绿色、一种负责蓝色。

人眼之所以能看到不同波长的光,原因在于上述三种感光蛋白使用的是同一个发色团,它是一种叫做 11-顺式视黄醛的小分子,可以转出来不同颜色的光信号。

红绿蓝三种视蛋白的氨基酸序列差别非常小,红和绿之间仅有几个氨基酸不同,但是它们的感光峰值却差了三四十纳米,这恰好覆盖了从红到绿的光谱范围,这也是人眼能分辨出万千种颜色的原因。

此次三篇论文从不同角度回答了一个问题:到底这些微小差异怎么造成了这么大的区别。


图 | 三篇论文(来源:Science)

其中一篇论文用冷冻电镜解析了绿色和蓝色视蛋白在暗态下的结构;另一篇论文解析了猴子的红色视蛋白和绿色视蛋白,结果发现猴子的色觉和人基本一样;第三篇论文把所有三种人类视蛋白在激活状态下的结构都做了出来,结果发现它们都连着一个 G 蛋白和一个全反式视黄醛。

论文指出,G 蛋白是视觉信号传递的“启动器”,视黄醛是发色团被光激活之后的形态,只有把三种视蛋白在激活状态下的结构放在一起比较,才可以看清它们在信号传导这一步的异同。

当把这些结构放在一起看,论文作者发现红绿感光的差异主要来自一个氨基酸的替换。他们发现在红色视蛋白里,一个位置上恰好放着苏氨酸,并且带着一个羟基,这个羟基能够改变发色团周围的电场,于是光谱就会偏移。

其实这种偏移来自静电效应,改变发色团周围的电荷环境之后就可以调色。研究中,论文作者用量子力学和分子力学的混合模型做了计算,证实静电效应确实起着主导地位。


(来源:Science)

蓝色视蛋白走的是另一条路线,它的发色团周围拥有一圈丝氨酸,会形成一个极性环境,不仅稳定了发色团,也让光谱发生了蓝移。蓝色视蛋白还拥有一个额外的二硫键,它连接着第二和第七个跨膜螺旋。

这个额外的化学键让它的结构更加结实,也让其和红绿视蛋白区分开来。而且蓝色视蛋白的激活机制也更特殊,它用色氨酸和酪氨酸组成了一个扩展的芳香族网络,借此把发色团的异构化信号传递到整个蛋白。相比之下,红绿视蛋白无需依靠这个通路,它们的信号传导更加依赖经典的 GPCR 微开关。

视蛋白和杆细胞里的视紫红质也有明显的区别。具体来说,视紫红质负责暗视觉,对单光子都很敏感,但是恢复速度比较慢。视蛋白负责明视觉,需要在强光下工作,工作时既需要快速响应、也需要快速恢复。

论文里的结构数据解释了上述区别的来源:那就是视蛋白的发色团结合口袋更加开放,允许视黄醛实现快速进出。而杆细胞里视紫红质的发色团被牢牢锁住,无论是释放还是重新结合都要慢得多。至于视蛋白的不活化状态,由于不如视紫红质稳定,反而让它能更快地切换到激活状态,也能更快地回到基态准备下一次响应。

冷冻电镜的结构揭示了一个之前没被人们注意到的特征,详细来说在视蛋白的膜内侧有一个侧向开口,这个开口在视紫红质里是找不到的,也一直处于关闭状态。论文作者认为这个开口是视黄醛快速进出的通道。而视紫红质没有这种通道,发色团结合和解离都依赖蛋白的构象变化,这就导致速度就慢了。但是,视蛋白有了上述侧向开口,就可以在强光下快速地更新发色团,从而保持持续的感光能力。


(来源:Science)

那么,这些新发现对普通人有什么用?最大的用处之一就是色觉缺陷的分子基础被看得更清楚了。要知道红绿色盲在人群中占比很高,绝大多数是因为红绿视蛋白的基因重组导致功能异常。现在有了这些论文里的高分辨率结构,就可以在原子尺度上理解哪些突变破坏了功能,哪些仅仅是无关紧要的变异。与此同时,蓝视蛋白突变导致的罕见色盲也有了结构解释。

论文里的结构数据也揭示了三种视蛋白的进化路线:短波敏感视蛋白是其中最为古老的一支,红绿视蛋白则是后来基因重复产生的。短波视蛋白保留了更多的祖先特征,发色团环境更为受限。红绿视蛋白做了更多的功能优化,譬如在发色团结合口袋里出现了一个氯离子结合位点,这个位点可以调节波长敏感性和 G 蛋白信号强度。也就是说大自然用同一种零件,通过微调的方式改出了三种不同功能的版本,实现了令人叹为观止的效率和精度。


(来源:Science)

预计未来的药物设计也可能从中受益,因为视蛋白属于 G 蛋白偶联受体家族,这是制药领域最重要的靶点家族之一,多达大约三分之一的上市药物都作用于这类受体。据了解,视蛋白的配体是光,其调控方式极其精确,而结构信息可以帮助设计光控药物,使用光来开关特定受体的活性,目前这类技术已经在神经科学里有了初步应用。

颜色是我们感知世界的基础能力,这项能力其实建立在那些看不见的分子结构上,这些分子层面的微小差异,最后变成了我们眼中这个五彩斑斓的世界,而有了这些三维结构,人们就能更精确地理解色觉的生物学基础,这便是这些研究的意义所在。

参考资料:

https://www.science.org/doi/10.1126/science.adz3996

https://www.science.org/doi/10.1126/science.adz8141

https://www.science.org/doi/10.1126/science.adz3624

排版:刘雅坤

注:封面/首图由 AI 辅助生成

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