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新疆位于中国西北边陲，虽地理位置偏远，但高等教育领域有不少综合实力强或特色鲜明的好大学，以下是排名靠前且各具优势的五所院校。
新疆大学位于乌鲁木齐，是新疆唯一的“双一流”建设高校，也是教育部与自治区“部区合建”高校。学校有专任教师2071人，包括中国工程院院士等国家级人才，马克思主义理论、化学、计算机科学与技术入选“双一流”建设学科，数学、中国语言文学等是传统优势学科，2025年软科排名中位列全国第127名，校区分布在乌鲁木齐校本部、北校区和南校区，是新疆高等教育的龙头院校。
石河子大学由教育部和新疆生产建设兵团共建，是“211工程”和“双一流”建设高校，化学工程与技术是“双一流”建设学科，农业工程全国第9，临床医学等8个学科进入ESI全球前1%。学校有中国工程院院士4人，入选国家人才项目45人次，校区在石河子市主校区和五家渠校区，为兵团培养了大量实用人才，考生入学分数较高。
新疆医科大学是新疆唯一独立建制的医学类部省共建高校，前身是“一五”计划156个重点项目之一的新疆医学院。临床医学是新疆首个跻身ESI全球前1%的学科，药学实力突出，有6家附属三甲医院，新疆85%的三甲医院骨干医师毕业于这里，校区在乌鲁木齐新医路和雪莲山校区，是当地医学领域的领军院校。
新疆农业大学是自治区、教育部、农业农村部等共建的农业特色高校，前身为八一农学院，是农业科学领域的“西北龙头”。植物与动物科学、农业科学进入ESI全球前1%，农业资源与环境、草学是国家级重点学科，与兵团、地方农垦企业合作紧密，校区在乌鲁木齐老满城校区和亚心校区，为农业领域培养了大量专业人才。
新疆师范大学是新疆培养基础教育师资的核心基地，教职工1788人，专任教师1090人，高级职称比例达50.18%。中国语言文学（维吾尔语方向）是A+学科，教育学是国家级特色专业，在双语教育、中亚研究方面有特色，校区分布在乌鲁木齐温泉校区和昆仑校区，毕业生在当地教育系统占比高。
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