广东
近日，浙江省农科院蔬菜研究所茄子萝卜育种与栽培团队在《Plant Communications》（IF=11.6）上发表题为“A complete telomere-to-telomere genome assembly of Solanum melongena uncovers key regulators in pan-tissue anthocyanin biosynthesis”的研究成果。浙江省农科院蔬菜研究所包崇来研究员为本文通讯作者，蔬菜研究所魏庆镇副研究员、王五宏副研究员以及农产品质量安全重点实验室王筠竹助理研究员为本文共同第一作者。
该研究成功组装了首个无缺口且整合细胞遗传学图谱的茄子T2T基因组，并深入解析了MYB转录因子家族在不同组织花青素合成中的调控作用，为茄子功能基因组学和色泽性状改良育种提供了宝贵资源。
该研究综合利用多种测序技术，成功组装了茄子自交系‘HQ-1315’的首个真正无缺口的T2T基因组，该基因组12条染色体的锚定率高达98.06%，BUSCO完整性评估达99.5%，显示出较高的完整性与准确性。利用寡核苷酸荧光原位杂交（oligo-FISH）技术，成功将组装好的12条染色体与物理染色体对应，构建了高质量的染色体核型图，并精准定位了端粒、5S和45S rDNA的位置，同时纠正了前人基因组中的三处倒位错误，证实了Smel HQ v2.0组装的可靠性。在此基础上，研究团队在全基因组范围内鉴定出213个茄子MYB转录因子，并通过对茄子不同颜色组织的转录组系统分析，发现了SmeMYB182、SmeMYB175等多个在紫色组织中特异性高表达的关键候选基因，揭示了花青素跨组织积累的调控网络。此外，团队还构建了开放的茄子基因组数据库，整合了包括本研究中Smel HQ v2.0在内的多个栽培和野生茄子基因组数据，方便全球研究者进行基因查询、比对和数据分析。
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