Sci China Life Sci丨曾木圣/钟茜团队开发Clier-seq技术，绘制全转录组糖基化RNA图谱

近年来研究表明，RNA分子也能像蛋白质一样发生糖基化修饰，并定位于细胞表面参与细胞间通讯，成为一种全新的信号分子。糖基化RNA（glycoRNA）的发现开辟了RNA修饰研究的新领域。然而，受技术限制，过去的研究主要集中于200 nt以下的小RNA，更大范围的glycoRNA分布图谱仍有待揭示。

近日，Science China Life Sciences在线发表了中山大学肿瘤防治中心曾木圣教授和钟茜教授团队的最新研究成果，题为Transcriptome-wide identification ofglycoRNAsbyClier-seq pipeline。该团队开发了新型Clier-seq技术，实现了全转录组范围内细胞表面糖基化RNA（glycoRNAs）的系统鉴定，为RNA糖基化研究提供了突破性工具。

研究团队通过蔗糖密度梯度离心分离不同大小RNA，结合代谢标记与点击化学方法，首次发现长度达2000 nt的RNA也存在广泛糖基化修饰。基于此，他们建立了标准化的Clier-seq流程，包括高效富集、链特异性建库及全转录组定量分析，并通过Clier-qPCR平台实现特异性验证。该技术克服了以往非特异性富集和分析偏倚等问题，显著提高了比对率与覆盖度。

在针对EB病毒易感的鼻咽上皮细胞和B淋巴细胞的系统性分析中，研究团队发现转运RNA（tRNA）是糖基化修饰的主要类型，其中tRNA-Ser、tRNA-Thr、tRNA-Val和tRNA-Lys的修饰最为显著。此外，研究还证实了Vault RNA（vtRNA）及部分新型长链非编码RNA（lncRNA）的糖基化修饰存在。

结合先进的ARPLA（邻位连接技术）和GlyinsRNA生物信息学预测工具，研究团队进一步在单细胞水平实现了glycoRNA的空间可视化与修饰位点预测，完成了对Clier-seq新发现glycoRNA的独立验证。这些方法为后续研究提供了多维度、高可靠性的验证体系。

综上，该研究建立的Clier-seq技术体系及配套分析方法，首次实现了对细胞表面糖基化RNA的全转录组系统解析，发现了tRNA、vtRNA及新型lncRNA等多种glycoRNA新亚型。该成果为glycoRNA功能探索及基于RNA糖基化的生物标志物开发奠定了方法学基础，对推动RNA修饰与表观转录组学研究具有重要意义。

图2 Clier-seq分析流程示意图

中山大学肿瘤防治中心博士后朱楠楠、博士研究生杨雁琳和刘元涛为该文共同第一作者，曾木圣教授和钟茜教授为通讯作者。

原文链接： https://doi.org/10.1007/s11427-024-2989-x

制版人：十一

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