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几个月前,我们向
Immunobiology投了一篇手稿(JCR 3区,中科院 4区,IF 2.3)。研究内容聚焦于肿瘤微生物群与肺癌免疫微环境的关联,属于典型的基于公共数据库的纯生物信息学(bioinformatics)研究。
审稿结束后,Reviewer 2给出的核心意见非常直接:“This study is simply an analysis of associations using public datasets without any clinical or experimental validation.”也就是说,审稿人认为这项研究“只有数据分析,没有实验验证”。考虑到该期刊定位为四区、影响因子2分左右,我们在返修时没有补充湿实验,而是认真回应了其他技术性意见。
然而,返修后由于原来的 Reviewer 1失联,编辑重新邀请了新的审稿人。新的审稿意见中,Reviewer 2再次坚持原有立场:“My major concerns are not addressed by the revision. This study is still simply an analysis of associations using public datasets without any clinical or experimental validation or analysis related to recent progress.”尽管其他审稿人意见相对正面,最终杂志给出了再次返修甚至转投的建议。
从个案到共性:低分期刊的“实验依赖症”
我非常尊重这位审稿人的学术严谨,也理解他的担忧——毕竟实验验证是生信结论“落地”的关键一步。这种要求符合当前生物信息学领域越来越重视可验证性与临床关联度的趋势。
但问题在于,我们这项研究的主要结论是肿瘤内菌群与免疫微环境的潜在关联。这种假设的验证难度极高,不是“做几个实验”就能完成的。若真能完成实验验证,这类研究的层次也自然会提升到更高分区期刊的水平。换句话说,我们并非“不愿验证”,而是验证本身超出了期刊定位与项目范畴。
呼吁:低分期刊应明晰“纯生信”政策
我认为,现在的许多低分期刊(特别是ESCI、三区、四区期刊)应在投稿指南中明确说明:是否接受“纯生信研究”;如果接受,应分级、分类型制定评估标准,如算法创新类、数据挖掘类、假说生成类等;对于要求补实验的审稿意见,编辑应判断实验验证的必要性,而非机械执行。例如,对于已经通过多个公共数据集交叉验证、统计稳健性良好、并具有理论与文献支撑的研究,完全可以视为“可接受的纯生信工作”,无需强制实验验证。
平衡与未来:别让“实验验证”成为科研的隐形门槛
不可否认,实验验证是生信研究的“必经之路”。只有当数据分析与实验验证相互印证,生信结果才能真正服务于生物学与医学实践。但如果在评审体系中过度强调湿实验,反而可能压制生信方法论的发展。如今,单细胞测序、空间转录组、宏基因组等新技术每天都在产生海量数据,这些成果首先需要靠生信去理解与整合。
因此,期刊与学界需要构建一种“生信研究—实验验证”协同发展的生态:
对于假说生成、方法开发类研究,应重视分析逻辑与统计严谨性;
对于机制验证类研究,则强调实验支撑与可重复性;
对纯生信研究,应有明确的评审标准,而非“一刀切”。
生信研究并非实验的附庸,它是现代生命科学的“第二实验室”。只有当期刊、审稿人、研究者三方共同认识到这一点,才能真正推动生信研究走向成熟——既有理论深度,也有实验温度;既重数据逻辑,也尊重现实边界。科学的道路,不应被方法所限,更不应被形式所绑。
转自:Easy科研公众号
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