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冷冻干燥机的加热系统对于不同的冻干机有不同的加热方式。一种是利用直接电加热法；另一种则利用中间介质来进行加热，由一台泵使中间介质不断循环。
加热系统的作用是对冻干箱内的产品进行加热，以使产品内的水分不断升华，并达到规定的残余水分要求。运行中，加热系统通常与控制系统联动，根据预设的冻干曲线，分阶段、精确地调节搁板温度。初次干燥阶段，缓慢、稳定地升温；解析干燥阶段，进一步提高温度，去除结合水，确保最终产品的含水量达到要求。
加热系统的精确控制对于冷冻干燥机冻干的过程很重要。不仅需要提供足够的热量以促进冰晶的升华，还必须确保温度分布均匀，避免局部过热导致产品变性或结构破坏。
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