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原位杂交技术与实验方法选择指南

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一、原位杂交技术的定义与科学价值

原位杂交组织(细胞)化学(In Situ Hybridization, ISH)是基于核酸碱基互补配对原则,利用标记核酸探针与组织细胞内靶核酸(DNA/RNA)特异性结合,通过可视化检测系统实现核酸原位定位的分子病理学技术。该技术可对基因表达进行定性、定位及定量分析,尤其在低丰度 mRNA 与罕见基因表达分析中具有不可替代的优势,已成为分子生物学与病理学交叉领域的核心技术之一。

二、原位杂交的分类

根据所用探针和靶核酸的不同,原位杂交可分为DNA-DNA杂交,DNA-RNA杂交和RNA-RNA杂交三类,其稳定性依次增大。

根据探针的标记物是否具有放射性,原位杂交又可分为同位素标记探针法和非同位素标记探针法两类。同位素标记探针法是用放射性同位素标记探针与靶核酸进行杂交,杂交后可用敏感性高的放射自显影技术检测。常用的放射性同位素如3H、32P、35S、125I等。非同位素标记探针法一般用半抗原标记探针,如生物素(Biotin)、地高辛素(DIG)等,最后通过免疫组织化学法对半抗原定位,间接地显示探针与靶核酸形成的杂交体。

原位杂交最初是以同位素标记探针进行的,这种方法敏感性高,但核素具有半衰期限制、放射性污染且该方法成本高、耗时长,对实验人员具有辐射危害。而非同位素标记探针虽然在敏感性方面不如同位素标记探针,但其稳定性和分辨力高,检测时间短,一般在24h即可得到结果,同时操作简便,没有放射性污染的安全问题。因此,非同位素标记探针(尤其是生物素标记探针和地高辛标记探针)迅速发展,逐渐成为原位杂交技术的主流方法,更受科技工作者的关注与青睐。

三、原位杂交选择指南

1、生物素标记探针or地高辛标记探针?

地高辛标记技术源于一种从洋地黄类植物中提取的类固醇物质——Digoxigenin(DIG)。由于Digoxigenin在自然界中来源单一,因此抗DIG的抗体不会与其他的生物物质结合,从而可以满足特异性标记的需要。同样是小分子标记物,生物素广泛存在于各种组织中,对于灵敏度很高的标记检测实验来说,样品自身含有的内源生物素,就会对结果产生干扰。地高辛就能够很好地避免这个问题。

2、PCR法or随机引物法?

如果有足够量的高纯度模板,可以采用随机引物标记方法。而当只能获得有限量模板,或模板仅仅部分纯化,或模板非常短时,PCR标记是制备DIG标记探针的优选方法。它比其他方法需要更少的优化,且标记探针产量高。在PCR标记过程中,热稳定聚合酶会在扩增模板DNA特定区域时结合DIG-dUTP。其生成的是高度标记、非常特异、且非常敏感的杂交探针。

市场上主要使用随机引物法的试剂盒如罗氏的DIG High Prime DNA Labeling and Detection Starter Kit I 和II,标记效率较高;主要使用PCR法的试剂盒如常州百代生物的BIOG地高辛标记试剂盒,盒内特别的采用了超级热启动Taq酶,大幅提升了探针的杂交活性,与随机引物法相比,具有非常显著的性能优势,可以通过杂交检测到极低拷贝甚至是单拷贝基因。

3、地高辛标记的探针免疫酶学检测方法Dig –HRPor Dig –AKP?

常用的免疫酶学检测方法有两类:

·Dig –HRP(辣根过氧化物酶)检测体系:以DAB(四氢氯化二氨基联苯胺)/H2O2为底物,结果为棕色;或以4-氯-1-萘酚/H2O2为底物,结果为蓝色。

·Dig –AKP(碱性磷酸酶)检测体系:以BCIP/NBT为底物,结果为蓝紫色沉淀。

与免疫细胞化学方法相似,如应用酶促反应会较单一信号的标记物如荧光素具有更高的灵敏度。同样是酶促化学反应,AKP灵敏度和分辨率较HRP高约10倍左右。以BIOG地高辛标记探针原位杂交检测小鼠肝脏组织汉坦病毒感染为例(图1),以碱性磷酸酶标记的抗地高辛抗体,与组织细胞中通过原位杂交定位结合的地高辛标记探针高效结合,再通过NBT/BCIP显色,即可灵敏准确地展示出所要检测的靶基因及其细胞定位,可广泛用于组织原位杂交、细胞原位杂交和染色体原位杂交等。

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