四川
近日，生物技术公司 Plex Research 宣布与 Ginkgo Bioworks达成合作，开展人工智能驱动的药物研发，以识别新的疾病机制和途径。通过此次合作，Gingko 旗下的服务 Gingko Datapoints 将结合其庞大的扰动响应分析数据集与 Plex 的 AI 平台，揭示药物再利用的潜在机会。
Plex Research 由 Douglas Selinger 于 2017 年创立，他对计算方法的兴趣可以追溯到他在哈佛大学 George Church 实验室的博士研究。当时，微阵列是一项新技术，Selinger 发表的论文描述了大规模转录分析的实验和计算方法。“我们得到了大量数据，但没有软件来分析它，或者没有好的软件。”后来他去了诺华，在长达 14 年的时间里从事药物研发工作，包括进行高通量转录分析实验。
在此期间，他开始思考如何重新利用谷歌等搜索引擎使用的算法来查找用于原始生物数据的网页，甚至还构建了一个原型系统并广为传播。离开诺华后，他就创办了 Plex Research，并基于类似的想法构建了一个全新的平台，用于搜索化学生物学和组学数据集。其理念是更多的数据意味着更好的药物。为了实现这一目标，Plex 致力于让全球的科学数据在一个平台即可查找、访问、搜索，并且透明。
该公司的目标是原始数据集，其平台利用来自生物数据库以及其他来源，如科学出版物的信息。“我们从这些来源获得了很多信息……这些来源汇总了许多其他数据源。我们还会深入研究特别重要的个别研究，并且重新分析整合。”
Plex 平台采用人工智能的“焦点图”方法，提供透明度和可追溯性——每个发现都明确地与实验证据相关联，从而实现严格的科学验证和后续跟踪。
双方将利用 Plex 的人工智能平台 Plex AI 分析 GDPx2 数据集，后者是由 Ginkgo 发布的大型转录组学数据集，包含 4TB 转录组数据，用于研究不同化合物如何影响各种人体细胞中的基因活性。其研究了 4 种人类原代细胞类型、85 种化合物处理、6 种剂量和 4 次重复中化合物诱导的基因表达。数据集中使用的细胞类型包括人类黑素细胞、主动脉平滑肌细胞、真皮成纤维细胞和骨骼肌成肌细胞。
Plex 已向 40 多家公司提供其平台，其中包括几家大型制药公司。 到目前为止，客户已使用 Plex 平台对各种药物模式进行查询；除此之外，Plex 还与学术机构合作。最近，该公司与哈佛医学院的科学家合作发表了一篇预印本，描述了知识图谱和大型语言模型在药物研发中的应用。
1.https://www.businesswire.com/news/home/20250403617537/en/Plex-Research-Partners-With-Ginkgo-Bioworks-on-Artificial-Intelligence-AI-Powered-Drug-Discovery-to-Identify-Novel-Disease-Mechanisms-and-Pathways
2.https://www.plexresearch.com/
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