甲午战争期间，清军在结构上尚未进入近代，军队架构严重不合理

清军兵种有步、骑、炮三种，具体对每个营来说，步、骑、炮配置是不一样的，没有统一标准，有的营几乎都是步兵，有的营按要求配备了炮骑兵，但人数很少。

日军兵种有步、骑、炮、辎重、工兵等，其中炮又分野战炮、重炮、要塞炮兵等。一旦战起，分工作战各司其职，发挥特长，减少了不必要的物质损耗和人力伤亡。

特别需要指出的是，甲午战争时日本已将辎重兵，工兵作为独立的兵种，直接配置在军队里，这是十分科学的，在战争中也确实发挥了它的作用。对于近代战争来说，辎重兵的后勤保障十分重要，日军已充分认识到这点，所以日军军队中辎重兵的人数比例很高，在野战师团中占近1/10。

清军中没有正规编制的辎重兵，其后勤工作，战前由地方完成，战中则由作战士兵自己完成。对前者而言，这势必造成后勤和军事行动脱节，贻误战机；对后者来说势必影响士兵作战力的发挥。

也是如此，在清军防守辽东时就出现了由“辽阳城民多逃，（以使）雇车无一辆，运物极难”的情况，旅顺口守卫战中，总兵徐邦道在土城子重挫日军，致使“日兵以是大挫，斩其兵官”并退走，这完全是为“旅顺第一转机”，然而“邦道兵力饥疲己甚……无接应……无行帐，其非回旅顺不能得一炮，道守险要而不能守，乃退，而旅顺乃不可为矣。”足见清军受制于兵种单调，带来了怎样的后果。

清军除了在兵种上单调且配置不全，其编制也是十分混乱，在战场上互不配合。

清军的军事编制和兵种与日军相比显得混乱、单调，致使战场上指挥不便和不能发挥诸兵种整体效能。甲午战争期间，清军既有八旗、绿营，又有防军，练军以及湘淮军，几种军队同时存在，他们各有各的组织编制体系。

就全国清军来说，军制五花八门，相当混乱。一旦两军共同作战，因为军制的不同，无法统一指挥，经常会出现调度不奏效，配合不得力的情况。相反日军军制先进科学，适于近代战争。

明治政府刚建立时，其军来自各藩的旧军队，编制也是十分庞杂，其后日本进行了改革，到80年代，建立了“师团—旅团—联队”建制。师团是战略基本单位，人数在万人以上。它的特点是组织严密，层次分明，指挥系统高效率。由于战略单位“师团”人数超过了清防军战略单位“营”的人数，所以往往容易集中兵力，密切配合统一行动。

在整个战争中，清军编制的落后跟混乱带来了战役的失败。

如鸭绿江防守战中，清守军宋庆与依克唐阿共守防线，名义上宋庆奉命统率诸军，但能听从调度的就只有自己身边的“毅军”各营，而“新募之伍，集不以时，其他军之征调者，相与徘徊观望，不肯出关，即关外从征之师，或瞻循依违，败不相救”。

因为各部属于不同的系统，所以作为一个整体的防线就没有一个驾驭诸军之上的指挥系统来有效指挥防线上的各军。导致战斗开始后各部互不照应互不配合，依克唐阿一战即溃，宋庆不得不独立支撑。

又如旅顺失陷前，清军凡30余营，“六统领不相系属”“诸将互观望，莫利前击敌”“不拒险，不互援，致以北洋屏障拱手让人”，在日军的攻势面前不堪一击。日军进攻金州时，在大连防守的总兵徐邦道要求联合各营进守金州，可“诸将各不相统，莫应之”，由此导致清军被日军各个击破，逐一歼灭。纵有湘军老帅刘坤一前往压阵，也是回天乏术了。