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江南大学团队提出合成PLP新型补救途径,有望实现规模化生产

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5′-磷酸吡哆醛(Pyridoxal 5′-phosphate,PLP)是大约 160种细胞反应的必需酶辅因子,在代谢过程中发挥着重要作用。缺乏 PLP 会导致严重的影响,包括脂溢性皮炎、抽搐、小血球性贫血、周围神经病变、癫痫和抑郁等。

而且人和动物无法合成 PLP,如果缺失则需要通过外源补充。这使得 PLP 在制药、食品工业和牲畜饲料领域具有很高的应用价值。目前,PLP 的主要生产方式是化学合成,不过,这种方式存在产生副产物、温度高、氯化反应引发安全隐患等问题。

因此,领域内一直在探索高效生物合成 PLP 的策略。近日,来自江南大学的研究人员首次建立了利用伤寒沙门氏菌酸性磷酸酶(StAPase)和大肠杆菌吡哆醇氧化酶(EcPNPO)作为途径酶、以吡哆醇(PN)和焦磷酸盐(PPi)为底物合成 PLP 的补救合成途径。在双酶催化下,最优菌株生产 PLP 的产量最高达到了超 15 g/L,产率为 1.02 g/(L·h)。据悉,这是迄今为止报道过的最高生产率。

(来源:JournalofAgriculturalandFoodChemistry)

本文的通讯作者是江南大学生命科学与健康工程学院教授吴静,重点关注生物催化生产药物/中间体的应用基础研究。她在 C-C 和 C-N 裂合相关酶的挖掘、设计、改造和解析等方面有较好的研究基础,并基于这些人工蛋白元件设计了多种重要药物/中间体的人工生物合成路径。

在植物和微生物体内,PLP 主要有两种合成途径,分别是从头合成途径和补救合成途径。从头合成途径包括以植物等真核生物为代表的 1-脱氧-二羟糖-5-磷酸(DXP)非依赖性途径和以大肠杆菌等原核生物为代表的 DXP 依赖性途径。前者主要关注关键酶的酶学性质,后者通过代谢工程在 12 h 内合成 PLP 的滴度仅为 2.3 g/L。

相比之下,补救合成途径更为理想。这种途径以吡哆醇、吡哆胺或吡哆醛(PN、PM 和 PL)为底物,通过激酶催化发生磷酸化生成吡哆醇 5′-磷酸、吡哆胺 5′-磷酸或吡哆醛 5′-磷酸,最终通过氧化酶转化为 PLP。

不过,由于激酶需要昂贵的三磷酸腺苷(ATP)作为磷酸供体,一定程度上限制了其应用。而酸性磷酸酶(APase)只需廉价的磷酸盐供体包括焦磷酸盐(PPi)即可完成催化磷酸化工作,降低了生产成本,且对反应底物具有广谱性,因此在补救合成途径中显示出了取代激酶的潜力。

对于 APase 而言,需要不断提高其活性。其中来自伤寒沙门氏菌的酸性磷酸酶(StAPase)是一种非特异性的酸性磷酸酶,属于磷脂酸磷酸酶 2 型(PAP2)超家族成员。领域内对这种酶的研究起步较早,包括分析其基因序列、对 StAPase 重组蛋白进行晶体学分析、深入解析 StAPase 催化磷酸化化合物水解的机制。

基于此,在这项研究中,该团队首次构建了一种合成 PLP 的新型补救合成途径,以 StAPase 和 EcPNPO 为途径酶,以焦磷酸盐为磷酸供体,以吡哆醇为底物合成 PLP。并通过试验证明了 StAPase 和 EcPNPO 双酶途径可将吡哆醇转化为 PLP,这种方法是可行的。

然后,该团队鉴定出了 StAPase 催化吡哆醇磷酸化的效率较低是限速步骤。研究人员通过分子动力学模拟和量子力学计算解析了 StAPase的低活性的原因,发现这主要是由于其对吡哆醇的亲和力低以及发生水解副反应。

图| PN 合成 PLP 的途径设计与验证(来源:上述论文)

基于这些发现,研究人员提出了两种蛋白质修饰策略以提高 StAPase 的活性,改善吡哆醇与 StAPase 的结合,增强底物结合位点的疏水性以抑制水解副反应。通过蛋白质工程手段,该团队分离出了 StAPase 的最佳变体 M7,其表观二级速率常数 Kcat / Km 的比值比野生型提高了 4.9 倍,并进一步分析了其性能提高的机制。Kcat / Km 的比值大小可用于比较酶的催化效率。

最后,在 StAPase 最优突变体 M7 和 EcPNPO 的催化下,研究人员构建出了可高产 PLP 的菌株,经过 6 小时的反应,产量达到了 14.5±0.55 g/L,产率为 1.0±0.02 g/(L·h),这为迄今为止报道的最高水平。

研究人员指出,这项研究有望为工业规模化生产 PLP 提供一种极具潜力的方法。

素材来源官方媒体/网络新闻

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