mNGS、NGS和WGS三种基因测序方式的区别

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随着基因测序技术的飞速发展，我们有了更多机会去了解自己的基因组。但是，你是否被mNGS、NGS和WGS这些术语搞得一头雾水？今天，我们就来为你揭开它们神秘的面纱，看看它们之间的区别。

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mNGS、NGS和WGS的区别

三者区别在于WGS是全基因组测序，可以测人的整条基因组序列或菌的全基因组，出结果周期大概20天，环境样本比如粪便微生物，宏基因组可以达到10G数据量。

而mNGS测所有致病微生物，比如可以检测细菌、真菌、寄生虫、DNA病毒和RNA病毒等，一般24小时出数据，针对病原体检测，一个样本大概几千到1万的费用。

mNGS实验流程

NGS全称是Next-generation sequencingtechnology，也就是“下一代”测序技术（二代测序技术），属于短读长测序（可读取的序列长度一般在300个碱基以内），主要包括16S短片段测序，以及WGS测序（全基因组测序后将小片段组装），一般可以选择NGS的16S短片段测序作为预实验，可以最低成本最短时间获得较多高质量的细菌菌属数据，并排除离群值，后期可以选择成本稍高的 宏基因组测序（利用WGS手段）获得样本量更大的细菌、真菌、古菌、病毒的数据。另外补充一点，16S全长测序由于序列太长，选择的是三代测序，不是NGS。

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三种基因检测技术的应用案例

案例一：WGS的应用

该项研究对来自非洲原始人（Hadza）的167个个体进行粪便取样得到351个样本，处理后共388个DNA样本进行宏基因组测序，同时得到经过纯化的52株细菌分离株。

通过对Hadza人群粪便进行超深度宏基因组测序，研究结果表明：

1、组装了数千种未知的人类肠道细菌、古菌、真核生物和噬菌体；

2、与生活方式相关的不同分类群的功能鉴定；

3、Hadza肠道微生物的复制率变化呈季节性循环，菌株共享模式与其独特的社会结构有关。

案例二：mNGS在病原体检测中的应用

2023年一篇相关论文《宏基因组二代测序在病原体诊断中的应用——基于Web的科学文献计量分析》对mNGS在病原体诊断中的应用进行了统计分析。该研究通过查阅与mNGS相关的所有出版物，以分析mNGS 用于传染病诊断的综合现状和未来热点。共有 325 项研究被纳入分析，结果表明mNGS 在多项研究中被用于检测肺炎、结核病和中枢神经系统感染的病原体检测，mNGS已成为病原体诊断的新工具。

总结

总的来说，mNGS、NGS和WGS三种测序方式各有特点，适用检测对象也不同。mNGS主要用于研究环境中的微生物群落；NGS在遗传病研究和药物研发等领域有广泛应用；而WGS则能提供个体的全面基因组信息，主要用于研究领域。在选择合适的测序方法时，根据研究需求和目的，需要考虑预算和实际数据需求等因素。

来源：基因谷

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