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大连医科大学附属第一医院基因检测能力获重大进展

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基因,人类的“生命天书”,决定着人的生老病死,是健康、靓丽、长寿之因,是生命的操纵者和调控者。人类除外伤外,几乎所有疾病都与基因受损有关,因此,基因检测是现代医学发展的重要方向之一。

今年1月开始,大连医科大学附属第一医院成为辽宁省医保局和辽宁省卫健委批复(辽医保函[2024]3号)的大连市唯一具有高通量测序基因检测项目收费资质的医疗机构。

至此,医疗级高通量测序临床检测项目在大连结束样本送外地检测的历史,实现本地化医院检测。以病原微生物检测为例,以往外送标本需要3-5天出结果,现在在附属第一医院,此项检测24小时内就可以出报告,为危重患者的紧急救治提供及时、精准的检测依据。

实力硬核,大连基因检测技术接轨国际

附属第一医院国家基因检测技术应用示范中心是国家发改委推出的“新型健康技术惠民工程”战略性项目,通过该项目推进基因检测先进健康技术在出生缺陷疾病、遗传性疾病、肿瘤、心脑血管疾病和感染性疾病等重大疾病防治上的应用,促进新型健康技术普及惠民。

2017年5月,大一医院临床基因扩增检验实验室率先通过辽宁省临检中心技术审核,同年10月,附属第一医院获批国家基因检测技术应用示范中心(牵头单位),助力大连基因检测技术驶入“国字号”。2020年3月获批大连市感染性病原体基因变异检测工程研究中心建设单位,提升了我市病原微生物基因检测整体水平。

高通量测序技术作为一种革命性的诊疗手段,已经在产前诊断、肿瘤、血液病等多个学科发挥了重要作用,给临床诊疗提供了重要支撑。但是一直以来医疗级高通量基因检测由于多种原因无法在医院实现。2017年附属第一医院牵头获批国家基因检测应用示范中心后,率先探索高通量基因测序“本地化”路径,取得了可喜的成绩,目前具备临床PCR实验室和P2实验室检测资质,多次满分通过国家临检中心和欧洲EMQN的室间质评。拥有国际主流的高通量二代测序技术平台,建立了符合国家临检中心要求的标准化实验室、采用国家食药总局批准的高通量测序(NGS)设备与试剂,具有专业资质的操作与数据分析人员,可实现PCR、NGS技术全流程质量控制,在保障临床与基因数据安全性的同时,极大地提高了数据获得效率、保障测序准确性和时效性。目前,高通量测序技术已经在多个学科发挥了重要作用,给临床诊疗提供了重要支撑。

今年1月,示范中心成为辽宁省医保局和辽宁省卫健委批复的大连市唯一具有高通量测序基因检测项目收费资质的医疗机构,开展基于PCR与NGS技术的肿瘤靶向用药、免疫评估、分子残留病灶、早筛等检测,同时覆盖致病性病原微生物(mNGS)及其耐药和毒力基因检测(tNGS)、全外显子(WES)罕见病、遗传病检测、微肿瘤(PTC)药物敏感性检测以及无创产前基因检测(NIPT)等项目,将为大连市民及周边医疗机构提供更方便快捷的个体化精准诊疗服务。

基因检测已成为肿瘤诊疗的“指挥棒”

近年来,精准医疗已经成为一个趋势。基因检测作为精准医疗的前提,也被越来越多的肿瘤患者所熟知。

目前,基因检测实际应用多集中在患者身上,特别是对于肿瘤病人而言,几乎已经是诊断和治疗前的必需项目。附属第一医院开展的临床肿瘤高通量基因检测,采用高通量二代测序技术,对肿瘤样本开展大规模、高通量基因检测服务。针对肺癌、消化道肿瘤、泌尿系统肿瘤以及妇科肿瘤等,开展肿瘤靶向用药、免疫评估、分子残留病灶、动态监测以及肿瘤早筛高通量基因检测项目等。通过鉴定基因变异类型,包括点突变、插入缺失、融合及拷贝数变异,全面精准地检测与癌症有临床相关性的基因突变、肿瘤靶向、免疫以及耐药基因等。

在临床上,部分患者可能没有检测到已知的药物靶点基因变异,无法参考权威机构发布的指南进行抗肿瘤治疗。有的中晚期肿瘤患者出现耐药现象,常规抗肿瘤药物无法有效遏制肿瘤进展的情况下,通过开展微肿瘤药敏检测实验,将患者来源的原代肿瘤细胞(PTC)在体外进行3D悬浮培养,模拟患者体内微环境,构建肿瘤药敏检测模型,开展临床肿瘤治疗药物敏感性筛选,可用于指导疾病患者个体化精准用药。

总之,基因检测结果就像一个“指挥棒”,指导肿瘤患者个体化方案制定、预后提示和疗效预测,以及改善患者预后,提高生存期和生活质量。

24小时内出报告,实现感染性疾病诊断的“准”与“快”

无处不在的感染性疾病时刻威胁着人们的生命健康,而很多感染的典型症状是发热。“发热待查”是最让临床头疼的问题,因为这个症状不仅意味着多种多样的病因,也可能意味着时间紧迫、患者病情随时可能加重。

临床数据显示,中国每年有1.2亿感染患者住院治疗,传统的治疗大多是“经验性治疗”,医生通过一个宽泛的检测结果结合经验来判断感染的病原体,如果一种药不管用,就换另一种药。病人和医生都希望又准又快地找到感染发烧的原因,然后针对性地治疗。如何实现了感染性疾病诊断的“准”和“快”?

附属第一医院开展的临床病原微生物宏基因组高通量检测,是基于新一代宏基因组(mNGS)与多重PCR靶向测序技术(tNGS),省略传统的微生物培养,直接提取临床样本(如血液、体液、痰液、咽拭子等)的核酸进行高通量测序。通过将测序结果与临床级病原微生物数据库进行比对分析,获得疑似致病微生物的种属信息,可以无偏倚地检测细菌、真菌、病毒、寄生虫等病原体以及代表性耐药和毒力基因,显著提高病原诊断阳性率,用于指导临床诊断和靶向用药,辅助感染性患者的精准诊疗。

高通量测序基因检测本地化后,大连感染性疾病患者的病原微生物检测大幅提速,24小时内就可以出报告,将进一步提升感染性疾病的诊治时效,实现更快、更安全的检测。重症医学科、呼吸科、感染科、急诊科、神经内科、血液科、儿科、骨科、风湿科等患者将从中受益。

无创产前基因检测评估胎儿染色体更安全

国内基因检测技术在临床上的应用,最早是从产前诊断开始的。我国过去的产前诊断技术很“粗糙”,比如为胎儿做唐氏筛查,如果有100位孕妇被判定为“高危”,最终通过羊水穿刺确认高危的可能仅有1位。这个基于上世纪90年代的技术,唐氏风险检出率只有65%,这样的筛查不仅增加了孕妇因羊水穿刺带来的流产风险,某种程度上来说,对筛查高危孕妇的作用有限。

附属第一医院开展的无创产前基因检测(NIPT),是利用高通量测序平台,检测胎儿染色体异常的新一代产前检测技术。由于胎儿游离DNA来源于胎盘滋养层细胞,穿过胎盘屏障进入母血,所以通过采集孕妇外周血,对母体外周血血浆中的游离DNA片段(包含胎儿游离DNA)进行测序,结合生物信息分析,可以计算出胎儿患染色体非整倍体等的风险。此项技术能同时检测21、18、13 三体等常见染色体异常,已经成为国内产前诊断的标配,几乎淘汰了传统技术。除禁用人群外,适合所有希望通过无创产前基因检测评估胎儿染色体异常风险的孕妇。

全外显子高通量测序筛查罕见病和遗传病

临床中,罕见病和遗传病的诊断也是十分棘手的问题。附属第一医院开展的全外显子(WES)罕见病检测,在鉴定孟德尔疾病或罕见综合征的致病基因方面,为临床上难以诊断的疾病提供了全新的诊断方法,可用于筛查病人是否患有严重的先天性疾病、遗传性疾病、代谢性疾病等,尤其适用于产前诊断与产前筛查领域,该技术对先天性和遗传性疾病作出诊断,为胎儿宫内治疗及选择性流产创造条件,还可以用于骨发育畸形、肾脏发育畸形等协助诊断。

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