东捻军转战数省，在扬州被团灭 ，首领任化邦战死，赖文光被俘

清同治五年（1866）十月二十日，捻军在河南许昌分为东、西两支。其中东捻军由原太平天国遵王赖文光和被太平天国封为鲁王的捻军蓝旗首领任化邦等率领，约有十万人马，以骑兵为主，采取快速灵活的流动作战战术，转战于河南、山东、安徽以及江苏、湖北北部等大片区域。西捻军约6万大军则由张宗禹、张禹爵等率领，远赴西北之陕西、山西作战，与东捻互为犄角，遥相呼应。

1867年1月，东捻军长途奔袭至湖北安陆府（今钟祥）臼口镇罗家集，与太子少保、一等威毅伯（一等男爵）、湖北巡抚曾国荃麾下的新湘军（灭太平天国后裁撤旧军，重组新军）激战，重创新湘军悍将、提督郭松林部，斩获无数，首获大胜。

也在当月，东捻军在德安府杨家河包围淮军总兵张树珊部（曾国藩亲兵营），旋即展开围攻，混战中击毙淮军悍将、署广西右江镇总兵张树珊，团灭其军。

当年2月，在安陆府臼口镇尹隆河（今永隆河）击溃淮军名将刘铭传部数千人马，正欲一鼓作气悉数歼灭之，湘军骁将、提督鲍超率麾下霆军赶至，旋即袭击东捻军侧背，赖文光、任化邦腹背受敌，被迫撤围 。刘铭传侥幸逃过一劫。被鲍超一搅和，东捻军东下入川计划随之搁浅。

1867年3月，东捻军在湖北蕲水六神港设伏，击溃记名布政使彭毓橘（湘军旧将） 率领的数千鄂军，打死彭毓橘，旋即摆脱了追兵，得以顺利冲出湖北，辗转北上山东，渡过大运河后抵达黄海之滨的胶东半岛。

同年8月，东捻军从胶莱河北端海神庙突破清军防线，捣入山东中部地区，此后被李鸿章淮军构筑的长墙防御工事（壕墙）围困于黄河南岸、六塘河北岸、胶莱河西岸、运河东岸的一片狭窄地区内，其善于长途奔袭、流动作战的骑兵无法发挥特长，几次往返突围均遭失败。

11月12日，东捻骑兵突至潍县（今潍坊市）松树山，被以逸待劳、装备精良的淮军击败，死伤惨重；19日，在江苏赣榆再遭淮军、新湘军阻击，损失惨重，鲁王任化邦阵亡。

同年12月，赖文光率东捻军余部在山东寿光与清军（湘淮军）决战，大败亏输，3万多将士死难，仅赖文光带领千余骑兵溃围而出，旋即狂奔南下，一举突破淮军在六塘河布下的天罗地网，沿大运河东岸向南方疾驰，淮军则围追堵截，不依不饶，赖文光多次率众拼死突围，都无法强渡运河。

1868年1月5日，赖文光率东捻军数百残骑突至江苏扬州瓦窑铺，被紧追不舍的淮军吴毓兰部包围，赖文光左冲右突，始终无法突破重围，枪林弹雨中，部下伤亡殆尽，仅少数几人侥幸逃生，激战中，赖文光被一枚流弹击伤，伤重被淮军俘获。在扬州狱中，赖文光写下了《赖文光自述》（口供），其中有一句：“惟一死以报国家（指太平天国），以全臣节”。1月10日，李鸿章下令将赖文光凌迟处死，东捻军彻底覆灭。

东捻军败灭后，失去依托的西捻军也很快被清军剿灭。太平天国灭亡后，远征西北的赖文光、陈得才、蓝成春、梁成富等部太平军成了孤军，为求生存遂会合活跃于北方数省的捻军张宗禹、任化邦部，用太平天国的治军方法加以整编、训练，可说是传承了太平军的衣钵，其兵制、兵法皆来自太平军，利用捻军长于骑战的特点，以流动战术与清军周旋。赖文光兵败被杀后，东捻军全部覆没；不久，张宗禹的西捻军遭优势清军的围攻，亦全军覆没。坚持战斗长达18年的捻军起义到此落下帷幕（也可视作最后一支被灭亡的太平军 ）。