北洋政府时期，由于主宰中央政权的首脑人物如同走马灯似的更迭不已，政出多门，中央军事领导体制不断变换。与此相适应，地方军事机构也花样翻新，未能形成比较稳固的统一的军事机构。领导地方军事的先后有巡阅使、都督、护军使、镇守使及其军事衙署。
（一）巡阅使
巡阅使由大总统特简高级（上将或中将）军官充任，主持地方军政事宜，设有巡阅使署。巡阅使署一般均设参谋长，其下分置各处，各处设处长1人，参谋长和处长均由大总统简任。处下设科，分科办事。例如，据1920年10月17日公布的《直鲁豫巡阅使署组织令》载，参谋长之下置秘书、副官、政务、军务、军需、军医、军法等处。
巡阅使署还设顾问和谘议各若干人，以备谘询，设宪兵司令人，宪兵300人。
巡阅使形式上属于陆军部管辖，所有上报文件都是经由陆军部转呈。海疆巡阅使属海军部管辖。巡阅使不一定全国各地同时设，有的另设巡阅副使。巡阅使原本出于对大实力派的安排，并未形成一种统一的制度。一般跨省而设，管辖两省或三省；也有按地区而设，如长江巡阅使、南洋巡阅使等。管辖范畴的大小及能否实际支配，则完全取决于这个军阀的实力，也可能只是个空衔。有的巡阅使还兼地方军政、民政长官，成为割据地方的太上皇。
与巡阅使类似的还有经略使、筹边使、边防督办。如1918年6月20日，特派曹锟为川粤湘赣四省经略使。1919年6月13日特派徐树铮为西北筹边使。1923年5月11日特派冯玉祥为西北边防督办等等。
（二）省军政长官——都督、将军、督办
武昌起义后，响应起义的各省均设都督统率民军，并兼管民政。1914年，袁世凯撤各省都督，改置将军行署，主管一省军政的将军承大总统之命，军政事宜受陆军部监察，军令和军事计划受参谋本部指示。将军行署设参谋长1人，辅助将军参赞军务，参谋4人~6人，辅助参谋长，分任军事计划；副官长1人，掌宣达本署事务，副官3人~6人；书记官2人，掌文牍事务。都督府内部机构的设置与将军行署大体相同。
有的省不派遣将军主管一省军政。凡巡按使奉大总统之命加将军衔者，则在巡按使公署附设军务厅主管本省军政事务，内设军务、军需、军法各科。
1916年7月，黎元洪指示改将军为“督军”。1920年5月23日，浙江督军卢永祥首倡“裁督”，实际并无结果。1922年6月后各省军政长官改称“督理军务善后事宜”或“督办军务善后事宜”简称“督理”或“督办”。1924年12月以后，临时执政段祺瑞继续任命各省的军政长官又一律为“督办某省军务善后事宜”，一般简称“督办”，其内部组织与以前基本相同。一直到1928年2月22日另行公布《督办军务善后事宜公署暂行条例》编制才略有变更，在公署内增设参谋处、副官处，各设处长1人，设课仍旧。
（三）护军使
护军使一设于无军政长官的省区，实际上相当于都督或将军，每省1人，直属于中央，克制全省军队，如1913年至1916年黑龙江的朱庆澜和贵州的刘显世就是这祥。一是设在有军政长官省内的某一重要地区，一般受省军政长官的操纵，但有时也有例外。也有另设副使的，称为护军副使。
护军使公署称为护军使署，其编制和员额比照省军政长官公署的规定，但有军政长官省份的护军使署，其编制和员额不得超过它的2/3。
（四）镇守使
镇守使设于省内重要地区，负绥靖地方责任，分为繁、中、简三等缺分。镇守使由大总统简任中将或少将充任。有的地方另设副使，称为镇守副使。
镇守使署设参谋长、副官长各1人，参谋副官各1人~2人。另外，在热河、绥远、察哈尔仍设都统，置都统府。
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