他曾任总参谋长，九一三事件后烧了很多文件，临终前希望恢复党籍

1968年，“杨余傅事件”发生，担任代理总参谋长的杨成武被隔离审查，并被关押起来，此时总参谋部的工作无人主持，在这种背景下，周总理、林彪等人商议后报告毛主席，希望把时任广州军区司令员的黄永胜调到北京，让他接替杨成武的职务，担任代理总参谋长。

不过，毛主席却把“代理”拿了下来，就这样，周总理紧急把黄永胜叫到北京，告诉他让他担任总参谋长。黄永胜本想拒绝，但周总理告诉他这是毛主席的意思，于是黄永胜就顺理成章地成为解放军总参谋长。

在这之后，黄永胜与林彪走得越来越近，他在解放战争时期就是林彪的部下，到北京后与林彪的接触也多了起来，还与邱会作、吴法宪以及李作鹏一起成为了林彪的“四大金刚”。不过，让黄永胜想不到的是，1971年9月13日，林彪与妻子儿子一起乘坐256号三叉戟飞机从山海关机场起飞，最终这架飞机飞出边境线，在蒙古的温都尔汗附近坠毁，飞机上的人员全部遇难，这就是历史上的九一三事件。

九一三事件发生的当天，周总理就叫来了黄永胜等人参加会议，简单通报了这起事件，此后外交部传来飞机的准确信息，周总理指示驻蒙古大使馆的人员前往事故现场处理这起事件，并尽可能拍照，分析事故原因。

也是9月13日当天，追随林立果的李伟信被逮捕，被捕后，李伟信交代了“联合舰队”以及“五七一”的阴谋计划。在这之后，“联合舰队”成员空军政治部党委书记江腾蛟、空军副参谋长王飞、空军作战部长鲁珉、空军情报部长贺德全、空军副参谋长胡萍等人陆续被隔离审查，9月20日，“三国四方”的其他成员，比如空四军政委王维国、空五军政委陈励耘被也被隔离审查。

其实，九一三事件发生后，中央并没有立即逮捕黄永胜等人，当时毛主席对周总理说：“给他们十天时间，让他们坦白交代，争取从宽处理，允许犯错误，犯错误改正就行”。有了毛主席的话，黄永胜等人一直正常工作，不过，不久后，中央就接到黄永胜警卫员的举报，说黄永胜在家烧文件。

关于烧文件，确实有这件事。黄永胜出狱后曾跟自己的儿子回忆当年的所作所为，他说自己首先想到的就是烧掉与林彪有关的照片，结果在烧照片过程中，才发现照片不好烧，而且一烧就冒绿光。于是就只能先烧文件，等火大了再烧照片。因为火大，那个缸都被烧裂了。

警卫员举报黄永胜之后，毛主席得知了这件事，他说黄永胜那是在毁灭证据，看来是要准备负隅顽抗了。于是毛主席就通知周总理，让他主持对黄永胜隔离审查。9月24日，黄永胜、吴法宪、邱会作以及李作鹏被叫到人民大会堂福建厅，周总理向他们宣布了中央对他们进行隔离审查的决定，此后黄永胜被隔离审查，并在1973年被开除了党籍。

1981年，黄永胜被判处有期徒刑18年，不过，入狱不久后他就被保外就医，被安置在青岛。黄永胜虽然被保外就医，但气性很大，在青岛过得郁郁寡欢。晚年的黄永胜有个心愿，那就是恢复自己的党籍，他多次写信申诉问题，但都没能得到回音。1983年，黄永胜在青岛因肝病去世，从他去世的时间以及病情来看，黄永胜晚年过得确实不太开心。