机动奥特曼第二季是以人类消失事件来展开的，东光太郎作为一个平平无奇的小记者，揭露了整件事情的来龙去脉，不过他还没有接触到最核心的部分，瓦德兰星人不过也是棋子罢了，真正的幕后黑手一直在给她们下达指令，命令她们执行计划，此事关乎到瓦德兰星人的种族存续，所以根本没有商量的余地。
在被东光太郎揭露真相之后，瓦德兰星人在日本的据点直接暴露，更别说东光太郎觉醒后还在附近使用了奥特炸弹，整个楼层火光冲天，所有的东西都在爆炸中灰飞烟灭了，侥幸逃脱的瓦德兰公主乘坐着宇宙飞船直接飞向了外太空，飞船内部还关押着那些被传送过来的人类，包括早田进次郎也在其中。
眼看着瓦德兰星人把事情搞砸了，幕后黑手直接打开天窗说亮话，通过投影现身于杰克与东光太郎的战斗地点附近，其身份为佩丹星人，是外星恐怖集团“黑暗之星”的头目，也是“人类消失事件”的真正主谋，这不过是他计划中的一部分，而他直接出现在全世界人类的面前，意味着他要正式宣战了。
佩丹星人只提出了一个要求，他要求将一半的地球土地割让出来，而留给人类思考的时间仅有二十四小时，选择答应佩丹星人的要求，他就会释放被关起来的人类，如果二十四小时后人类没有给出答复，或者拒绝佩丹星人的要求，那么佩丹星人的下一个动作，就是消灭一半的地球人类，也就是说佩丹星人一共给了人类两个选择，割地或者人类减半。
在佩丹星人登场的同时，百慕拉和北斗也出现在了远处的高楼上，百慕拉就不多说了，他的真实身份大家心里都有数，而北斗在上一季结尾被百慕拉带走，成功将其从鬼门关救了回来，现在的北斗看起来没了第一季那么叛逆，言语间也更加成熟了，看来在艾斯杀手事件之后，北斗确实成长了不少。
其实表面上佩丹星人给了人类两个选择，实际上这还不是最终目的，不管人类选择了哪条路，最终佩丹星人都可以完全占领地球，只要排除了奥特曼这个特殊因素，占领地球只是时间问题，所以佩丹星人才命令瓦德兰星人将早田进父子俩抓回来，现在进次郎已经在控制之下了，就差他父亲早田进了。
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