2018年12月，东南大学把苏州研究院转设为东南大学苏州校区，统筹推进发展规划，整体布局办学功能，目前建有东南大学苏州研究院、东南大学软件学院（苏州）、东南大学国家大学科技园（苏州）、东南大学-蒙纳士大学苏州联合研究生院、东南大学-蒙纳士大学苏州联合研究院、东南大学技术转移（苏州）中心等机构以及若干科技创新平台。
其中，东南大学-蒙纳士大学苏州联合研究生院是2012年3月经教育部批准的国内第一所中外合作研究生院，已取得显著成效，为国内高校探索中外大学在研究生层次联合培养提供了创新范例。
“东南大学——蒙纳士大学苏州联合研究生院暨联合研究院”将依托东南大学和蒙纳士大学的学科优势、师资力量，依托苏州的工业和经济优势，满足中国和江苏区域经济发展需求，在纳米科技、生物医药、资源环境、市政交通、信息产业、软件工程、新能源与新材料等领域，联合培养高层次、国际化、科技创新应用型硕士研究生和博士研究生，开展国际一流水平的科研和成果转化合作。
联合研究生院已于2012年开始试招生，并已在工业设计工程、计算机技术、交通运输工程、国际商务和外国语言学及应用语言学等5个专业开展了联合培养硕士的工作，目前已有219名学生在读。两校教师实行全英文授课，其中蒙纳士大学所派教师承担了50%的教学任务。同时，东南大学和蒙纳士大学已经在水敏感城市、新型材料、能源、生物信息、生物和纳米技术等5个研究领域加强合作，准备联合建立实验室。
东南大学-蒙纳士大学苏州联合研究生院（以下称联合研究生院）成立于2012年9月，是中国教育部批准设立的国内第一所和目前唯一的一所中外合作研究生院(批准号:MOE32AUA02DNR20121197N)，纳入全国研究生招生计划。
东南大学和蒙纳士大学是中国和澳大利亚居国内领先行列的研究型大学。联合研究生院是依托两校教学、科研力量，基于共同按国际一流研究型大学标准开发的教学、科研平台和不断完善的英文授课、研究生培养体系，培养能满足国家经济、社会新一轮发展需要的国际化、创新型研究生层次人才。
与联合研究生院并行设有蒙纳士大学-东南大学苏州联合研究院（ JRI ），从事多学科科学研究并支持研究生，特别是博士研究生的培养。JRI科研活动侧重对中澳两国产业发展具战略影响项目，注重发挥两校在工程、医疗卫生、理科等具世界影响优势学科实力，涉及纳米技术、生物信息、水资源、能源、轻质材料等领域。联合研究院现任院长为澳大利亚工程与科学院两院院士。
联合研究生院位于苏州工业园区独墅湖科教创新区（国家级高等教育国际化示范区）公共学院7、8号楼，地上建筑面积约4.3万平米，配备先进的教学、研究设施、设备，周边环境优美，交通便捷，各类后勤、社区配套服务设施齐全、便利。
联合研究生院现开设7个全英文授课专业：国际商务、英语笔译、电子信息、机械、交通运输、土木水利、能源动力，截至2020年底，招生2215人，毕业1072人，在读生人数1143人。绝大部分毕业生进入IT行业、金融行业、制造行业、交通行业、生物医药行业、房地产行业、教育行业等热门行业。本院学生在校期间数百人次获得各级各类竞赛奖励项目，其中多人荣获红点奖（世界三大顶级设计奖之一）、第七届海峡两岸口译大赛总决赛特等奖、2020年星火国际设计大奖全球总决赛最高奖项-铂金奖（Spark Awards 2020 Platinum Winner）、广汽设计大赛冠军等世界性大奖。
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