生物信息学分析必备︱不同物种的数据库

下面是不同物种（人、原核生物、植物等）的生物信息学数据库。

人类基因组测序中心

英国的Sanger中心的人类基因组计划网页，不仅有它们负责测序的染色体数据，还有其他染色体数据的链接。

https://www.sanger.ac.uk/

Lawrence Berkeley National Laboratory

http://www-hgc.lbl.gov/GenomeHome.html

Lawrence Livermore National Laboratory

http://www-bio.llnl.gov/bbrp/genome/genome.html

JGI：由美国能源部支持的，依托LBNL、LLNL和LANL三个国家实验室的人类基因组研究部门建的联合基因组研究所。

http://jgi.doe.gov/

UWGC华盛顿大学基因中心，是国际上最活跃的测序中心之一。

http://www.genome.washington.edu/

SHGC斯坦福大学人类基因中心，主要做高分辨率辐射杂交图谱，以及人类第四号染色体BAC克隆的测序。

http://www-shgc.stanford.edu/

DOGS基因组尺寸数据库

http://www.cbs.dtu.dk

EuGenes真核生物基因综合知识库，目前包括果蝇、人、小鼠、拟南芥、线虫、酵母、和斑马鱼的数据。

http://iubio.bio.indiana.edu/eugenes

原核生物基因组

细菌基因组计划的进展情况，可从以下网站查询：

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/PMGifs/Genomes/bact.html

欧洲生物信息研究所EBI的基因组测序进展表http://www.ebi.ac.uk/~sterk/genome-MOT/

日本DDBJ设立的Genome Information Broker for microbial genomes

http://mol.genes.nig.ac.jp/gib/

MAGPIE 测序计划清单

http://www-fp.mcs.anl.gov/~gaasterland/genomes.html

EMGLib 增补微生物基因组库

http://pbil.univ-lyon1.fr/emglib/emglib.html

大肠杆菌K12菌株的完全基因组序列：可由GenBank的子目录/genomes/获取，或从华盛顿大学大肠杆菌基因组中心，即Blattner实验室的网页读取。

http://www.genetics.wisc.edu/pub/sequence/

ECDC 大肠杆菌菌株K12的基因序列库，包括基因、读框、调控区、启动子、终止子、tRNA和rRNA等。

1. http://susi.bio.uni-giessen.de/ecdc/ecdc.html

2. ftp://ftp.ebi.ac.uk)/pub/databases/ecdc)

EcoGene和EcoWeb 大肠杆菌K12菌株基因组数据库，包括基因、蛋白质、基因间蛋白质组信息。

http://bmb.med.miami.edu/EcoGene/EcoWeb/

RegulonDB 大肠杆菌转录调控和操作子数据库

http://www.cifn.unam.mx/Computational_Biology/regulondb/

NRSub 非冗余枯草芽孢杆菌DNA数据库，包括完全基因组、MM子使用表、基因图谱和基因家族。

1. http://acnuc.univ-lyon1.fr/nrsub/nrsub.html

2. ftp://ftplnig.ac.jp(/pub/db/nrsub)

HIDB 流感嗜血菌完全基因组的原始数据库

1. http://www.tigr.org:80/tdb/mdb/hidb/hidb.html

2. ftp://ftp.tigr.org/pub/data/h_influenzae

HIDC 流感署血菌基因序列库

http://susi.bio.uni-giessen.de/ecdc/hidc.html

CyanoBase 蓝细菌数据库，实际上是集胞蓝细菌的基因组数据库。蓝细菌具有氧化和光合作用所需的全套基因。

http://www.kazusa.or.jp/cyano/cyano.html

MJDB 詹氏甲烷球菌基因组数据库

1. ftp://ftp.tigr.org(/pub/data/m_jannaschii)

2. http://www.tigr.org/tdb/mdb/mjdb/mjdb.html

MycDB 分枝杆菌数据库

http://www.biochem.kth.se/MycDB.html

PGI 疫霉属基因预研究计划的数据库

http://www.ncgr.org/pgi/

原生生物和线虫基因组

欧洲生物信息研究所EBI的原生生物网站

http://www.ebi.ac.uk/Projects/Protozoa/

AceDB 线虫综合数据库

1. ftp://sanger.ac.uk(/pub/acedb)

2. ftp://ncbi.nlm.nih.gov(repository/acedb)

3. ftp://lirmm.lirmm.fr(/pub/acedb)

关于线虫发育特别是化学感觉神经的研究

http://devbio-mac1.ucsf.edu/

真菌基因组

SGS 酿酒酵母基因组数据库

1. www.standford.edu/Saccharomyces/

2. ftp://genome-ftp.stanford.edu(/pub/yeast)

LISTA、LISTA-HOP、LISTA-HON

酿酒酵母基因组中蛋白质编码序列及其同源性的数据库

1. http://www.ch.embnet.org/

2. ftp://bioftp.unibas.ch

MYGD 酵母基因组、蛋白质和同源关系的数据库

http://www.mips.biochem.mpg.de/proj/yeast/

YIDB 酵母内含子数据库

http://www.EMBL-Heidelberg.DE/ExternalInfo/seraphin/yidb.html

MNCDB 由德国MIPS所维护的粗糙链孢霉基因组数据库

http://www.mips.biochem.mpg.de/desc/neurospora/

真菌基因组资源网址

http://fungus.genetics.uga.edu:5080/main.html

FGSC 真菌遗传学信息中心

http://www.fgsc.net/

昆虫基因组

斯坦福大学的果蝇基因组中心

http://www.fruitfly.org/

FlyBase 果蝇胚胎发育过程中基因相互作用的数据库

http://www-biol.univ-mrs.fr/~lgpd/GIFTS_home_page.html

哈佛大学的果蝇网页

http://morgan.harvard.edu/

MsqDB 蚊子基因数据库

1. http://klab.agsci.colostate.edu/acedb/MsqDB-acedb.html

2. ftp://klab.agsci.colostate.edu

鱼类数据库

美国国家卫生署1997年建立的斑马鱼网页

http://www.nih.gov/science/models/zebrafish/

ZFIN 斑马鱼基因组、发育突变和野生种系数据库

http://zfish.uoregon.edu/ZFIN/

Fugu 河豚的数据库

http://fugu.hgmp.mrc.ac.uk/

RainMap 彩虹鳟鱼基因图谱数据库

http://locus.jouy.inra.fr/

啮齿动物基因组（有关家鼠的数据库）

M.Musculus基因组库

ftp://ncbi.nlm.mih.gov(/genbank/genomes/M_muslulus)

MGI 家鼠基因组信息库

1. http://www.informatics.jax.org/mgd.html

2. ftp://ftp.informatics.jax.org/

Cre 转基因家鼠系的数据库

http://www.chinainfo.gov.cn/periodical/yc/yc9903/990314html

RatMap 大鼠基因图谱数据库

http://ratmap.gen.gu.se/

家畜和家禽

ChickGBASE 鸡基因图谱计划，搜集全世界鸡基因图谱信息。

http://www.ri.bbsrc.ac.uk/chickmap/chickgbase/manager.html

Swimemap 猪基因图谱计划，染色体图谱和标记。

http://sol.marc.usda.gov/genome/swine/swine.html

PiGBASE 猪基因图谱信息库

http://www.ri.bbsrc.ac.uk/pigmap/arkpig/

SheepBase 已发表的绵羊基因位点数据库

http://dirk.invermay.cri.nz/

Goatmap 山羊基因图谱数据库

http://locus.jouy.inra.fr/

HorseMap 马基因图谱数据库

http://locus.jouy.inra.fr/

Bovmap 法国的牛基因图谱数据库

http://locus.jouy.inra.fr/cgi-bin/bovmap/intro.pl

BovBase 英国的牛基因图谱数据库

http://www.ri.bbsrc.ac.uk/bovmap/arkbov/

BovGBASE 美国农业部的家畜基因组图谱计划中的牛基因数据库

http://probe.nalusda.gov:8000/animal/aboutbovgbase.html

Buffmap 水牛基因图谱数据库

http://locus.jouy.inra.fr/

DogMap 狗基因图谱数据库

http://ubeclu.unibe.ch/itz/dogmap.html

CatMap 猫基因图谱数据库

http://www.ri.bbsrc.ac.uk/catmap/ark/

农作物

UK CropNet 英国农作物植物生物信息网络

http://synteny.nott.ac.uk/

INE 水稻基因数据库

http://www.staff.or.jp/giot/INE.html

NCGR 我国水稻基因组计划针对水稻的籼稻亚种

http://www.ncgr.ac.cn/

TIGR/rice 美国TIGR研究所维护着几个与水稻基因组有关的数据库，包括基因组注释库、重复序列库，以及基因索引。

http://www.tigr.org/tdb/rice/

RiceGenes 美国康奈尔大学的水稻基因组数据库

http://ars-genome.cornell.edu/ricd/

GrainGenes 美国农业部和国家农业图书馆的植物基因组计划支持的麦、燕麦和甘蔗遗传数据库

http://ars-genome.cornell.edu/

riceweb 关于世界范围的水稻生产和市场等情况

http://www.riceweb.org/

WHEAT 小麦基因图谱数据库

http://wheat.pw.usda.gov/

KOMUGI 日本小麦网~是由6所大学和研究所联合维护。

http://www.shigen.nig.ac.jp/wheat/top.html

MaizeDB 玉米基因组数据库

http://www.agron.misouri.edu/top.html

ZmDB 玉米基因组数据库

http://zmdb.iasstate.edu/

ILDIS国际豆科植物数据库和信息服务

http://www.ildis.org/LegumeWeb/

豆类基因图谱

http://scaffold.biologie.uni-kl.de/Beanref/

MGI、NCGR和Samuel Roberts Noble基金会联合开展的豆科苜蓿属植物Medicago truncatula的基因组研究

http://www.ncgr.org/research/mgi/

cottonGen 棉花的基因组、遗传和育种数据库

cottonGen取代了cottonDB和cotton market数据库，cottonGen数据库更容易把棉花数据进行共享、挖掘、可视化和检索。cottonGen包含注释的全基因组序列、来自表达序列标签EST的单基因、性状基因座等资源。

http://www.cottongen.org

TreeGenes 树木遗传图谱数据库

http://dendrome.ucdavis.edu/treegenes/

拟南芥基因组

TAIR 拟南芥信息资源

国际上最权威的拟南芥基因组数据库和拟南芥基因组注释系统。具有丰富的数据资源和最新的注释信息。拟南芥转录因子数据库DATF的每个条目都有TAIR链接，可直接查看最新更新信息。

https://www.arabidopsis.org/

Arabidopsis PeptideAtlas

解决有关拟南芥的核心问题蛋白质组学，例如蛋白质剪接形式和翻译后修饰 (PTM) 的重要性，或只是为了获得有关特定蛋白质的可靠信息。PeptideAtlas 基于通过 ProteomeXchange 收集并通过统一处理和元数据注释管道重新分析的已发布质谱 (MS) 数据。

http://www.peptideatlas.org/builds/arabidopsis/

End

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